着色 ggplot2 的 stat_ecdf 基于行的样本分隔符

Question

我有一个 data.frame 想要绘制 edcf 线。大约有 96 条 pos ecdf 线和 96 条 neg ecdf 线。我想将 pos 线涂成黑色，将 neg 线涂成红色。我还想添加一定程度的透明度或平均线，这样看起来就不会杂乱无章。并且可能只在图例中包含 pos 和 neg。

代码：

simplify <- function(x){
  temp = x[complete.cases(x),]
  df.m = reshape2::melt(temp, id.vars = NULL) 
  df.m$XIST = sapply(strsplit(as.character(df.m$variable), "_", fixed=TRUE), function(x) (x[1]))
  return(df.m)
}
temp = simplify(X_chr)
ggplot(temp, aes(value, colour=variable)) + stat_ecdf() + xlim(1,1000) + theme_bw()

Temp 看起来像这样：

> head(temp, 10)
   variable    value XIST
1    pos_A1  0.00000  pos
2    pos_A1  0.00000  pos
3    pos_A1  0.00000  pos
4    pos_A1  0.00000  pos
5    pos_A1  0.00000  pos
6    pos_A1 15.66911  pos
7    pos_A1  0.00000  pos
8    pos_A1  0.00000  pos
9    pos_A1  0.00000  pos
10   pos_A1  0.00000  pos

> tail(temp, 10)
       variable     value XIST
210999   neg_H9  0.000000  neg
211000   neg_H9  0.000000  neg
211001   neg_H9  0.000000  neg
211002   neg_H9  0.000000  neg
211003   neg_H9  0.000000  neg
211004   neg_H9  4.466276  neg
211005   neg_H9  0.000000  neg
211006   neg_H9  0.000000  neg
211007   neg_H9  0.000000  neg
211008   neg_H9 30.033764  neg

产生：

Answer 1

下次请post一个reproducible example.

您只需使用 scale_color_manual 指定自定义图例。

df <- reshape2::melt(replicate(10,rnorm(100)^2))
df$Var2 <- paste0(c(rep("pos", 500), 
                    rep("neg", 500)),
                  df$Var2)
ggplot(df, aes(x = value, colour=Var2)) + stat_ecdf() + 
  xlim(0,3) + theme_bw() + 
  scale_color_manual(label = stringr::str_sub(unique(df$Var2),1,3),
                     values = c(rep('red',5), rep("blue",5)))

如果你想要完整的变量名，只需将相关代码替换为

  scale_color_manual(label = unique(df$Var2),
                     values = c(rep('red',5), rep("blue",5)))

关于你最后一个问题，你可以指定手动图例如下。我增加了 df 的大小，因为你会运行进入你在标题中用许多名字指定的问题。

df <- reshape2::melt(replicate(100,rnorm(100)^2))
df$Var2 <- paste0(c(rep("pos", 500), 
                    rep("neg", 500)),
                  df$Var2)
ggplot(df, aes(x = value, group=Var2, 
               color = c(rep('red',5e3), rep("blue",5e3)))) +
         stat_ecdf() + 
  xlim(0,3) + theme_bw() + 
  scale_colour_manual("+ or -",
                      values = c("red", "blue"), 
                      labels = c("pos", "neg"))

着色 ggplot2 的 stat_ecdf 基于行的样本分隔符

coloring ggplot2's stat_ecdf lines based sample delimiter

r

ggplot2

ecdf