添加先前序列的长度后计算序列的长度

Question

我想确定 multifasta 文件中单个序列的长度。我从 bio 手册中得到了这个 biopython 代码：

from Bio import SeqIO
import sys
cmdargs = str(sys.argv)
for seq_record in SeqIO.parse(str(sys.argv[1]), "fasta"):
 output_line = '%s\t%i' % \
(seq_record.id, len(seq_record))
 print(output_line)

我的输入文件是这样的：

>Protein1
MNT
>Protein2
TSMN
>Protein3
TTQRT

代码生成：

Protein1        3
Protein2        4
Protein3        5

但是我想在加上前面序列的长度后计算一个序列的长度。就像：

Protein1        1-3
Protein2        4-7
Protein3        8-12

我不知道我需要更改以上代码中的哪一行才能获得该输出。如果您对此问题有任何帮助，我将不胜感激！！！

Answer 1

只求总长度很容易：

from Bio import SeqIO
import sys
cmdargs = str(sys.argv)
total_len = 0
for seq_record in SeqIO.parse(str(sys.argv[1]), "fasta"):
    total_len += len(seq_record)
    output_line = '%s\t%i' % (seq_record.id, total_len))
    print(output_line)

获取范围：

from Bio import SeqIO
import sys
cmdargs = str(sys.argv)
total_len = 0
for seq_record in SeqIO.parse(str(sys.argv[1]), "fasta"):
    previous_total_len = total_len
    total_len += len(seq_record)
    output_line = '%s\t%i - %i' % (seq_record.id, previous_total_len + 1, total_len)
    print(output_line)

添加先前序列的长度后计算序列的长度

calculate the length of a sequence after adding the length of previous sequences

python

biopython

fasta