更快地归一化下三角矩阵

Normalize lower triangular matrix more quickly

下面的代码似乎不是瓶颈。

我只是想知道是否有更快的方法在 cpu 上使用 SSE4.2 完成此操作。

该代码适用于在 ar_tri 中以以下形式存储为一维数组的矩阵的下三角项:

[ (1,0),
  (2,0),(2,1),
  (3,0),(3,1),(3,2), 
  ...,
  (n,0)...(n,n-1) ]

其中 (x,y) 是矩阵中第 x 行第 y 列的条目。

还有ar_rdia中如下形式的矩阵对角线的平方根倒数(rsqrt):

[ rsqrt(0,0), rsqrt(1,1), ... ,rsqrt(n,n) ]

gcc6.1 -O3 on the Godbolt compiler explorer 使用 SIMD 指令 (mulps) 自动向量化两个版本。三角形版本在每一行的末尾都有清理代码,所以也有一些标量指令。

使用在连续内存中存储为一维数组的矩形矩阵会提高性能吗?

// Triangular version
#include <iostream>
#include <stdlib.h>
#include <stdint.h>
using namespace std;
int main(void){
    size_t n = 10000;
    size_t n_tri = n*(n-1)/2;

    size_t repeat = 10000;
        // test 10000 cycles of the code
    float* ar_rdia = (float*)aligned_alloc(16, n*sizeof(float));
        //reciprocal square root of diagonal
    float* ar_triangular = (float*)aligned_alloc(16, n_tri*sizeof(float));
        //lower triangular matrix

    size_t i,j,k;
    float a,b;
    k = 0;
    for(i = 0; i < n; ++i){
        for(j = 0; j < i; ++j){
           ar_triangular[k] *= ar_rdia[i]*ar_rdia[j];
           ++k;
        }
    }

    cout << k;
    free((void*)ar_rdia);
    free((void*)ar_triangular);
}

// Square version
#include <iostream>
#include <stdlib.h>
#include <stdint.h>
using namespace std;
int main(void){
    size_t n = 10000;
    size_t n_sq = n*n;

    size_t repeat = 10000;
        // test 10000 cycles of the code
    float* ar_rdia = (float*)aligned_alloc(16, n*sizeof(float));
        //reciprocal square root of diagonal
    float* ar_square = (float*)aligned_alloc(16, n_sq*sizeof(float));
        //lower triangular matrix

    size_t i,j,k;
    float a,b;
    k = 0;
    for(i = 0; i < n; ++i){
        for(j = 0; j < n; ++j){
           ar_square[k] *= ar_rdia[i]*ar_rdia[j];
           ++k;
        }
    }
    cout << k;
    free((void*)ar_rdia);
    free((void*)ar_square);
}

汇编输出:

## Triangular version
main:
        ...
        call    aligned_alloc
        movl    , %edi
        movq    %rax, %rbp
        xorl    %esi, %esi
        xorl    %eax, %eax
.L2:
        testq   %rax, %rax
        je      .L3
        leaq    -4(%rax), %rcx
        leaq    -1(%rax), %r8
        movss   (%rbx,%rax,4), %xmm0
        shrq    , %rcx
        addq    , %rcx
        cmpq    , %r8
        leaq    0(,%rcx,4), %rdx
        jbe     .L9
        movaps  %xmm0, %xmm2
        leaq    0(%rbp,%rsi,4), %r10
        xorl    %r8d, %r8d
        xorl    %r9d, %r9d
        shufps  [=14=], %xmm2, %xmm2       # broadcast ar_rdia[i]
.L6:                                # vectorized loop
        movaps  (%rbx,%r8), %xmm1
        addq    , %r9
        mulps   %xmm2, %xmm1
        movups  (%r10,%r8), %xmm3
        mulps   %xmm3, %xmm1
        movups  %xmm1, (%r10,%r8)
        addq    , %r8
        cmpq    %rcx, %r9
        jb      .L6
        cmpq    %rax, %rdx
        leaq    (%rsi,%rdx), %rcx
        je      .L7
.L4:                                      # scalar cleanup
        movss   (%rbx,%rdx,4), %xmm1
        leaq    0(%rbp,%rcx,4), %r8
        leaq    1(%rdx), %r9
        mulss   %xmm0, %xmm1
        cmpq    %rax, %r9
        mulss   (%r8), %xmm1
        movss   %xmm1, (%r8)
        leaq    1(%rcx), %r8
        jnb     .L7
        movss   (%rbx,%r9,4), %xmm1
        leaq    0(%rbp,%r8,4), %r8
        mulss   %xmm0, %xmm1
        addq    , %rdx
        addq    , %rcx
        cmpq    %rax, %rdx
        mulss   (%r8), %xmm1
        movss   %xmm1, (%r8)
        jnb     .L7
        mulss   (%rbx,%rdx,4), %xmm0
        leaq    0(%rbp,%rcx,4), %rcx
        mulss   (%rcx), %xmm0
        movss   %xmm0, (%rcx)
.L7:
        addq    %rax, %rsi
        cmpq    000, %rdi
        je      .L16
.L3:
        addq    , %rax
        addq    , %rdi
        jmp     .L2
.L9:
        movq    %rsi, %rcx
        xorl    %edx, %edx
        jmp     .L4
.L16:
        ... print and free
        ret

方盒组装的有趣部分:

main:
        ... allocate both arrays
        call    aligned_alloc
        leaq    40000(%rbx), %rsi
        movq    %rax, %rbp
        movq    %rbx, %rcx
        movq    %rax, %rdx
.L3:                                       # loop over i
        movss   (%rcx), %xmm2
        xorl    %eax, %eax
        shufps  [=15=], %xmm2, %xmm2           # broadcast ar_rdia[i]
.L2:                                       # vectorized loop over j
        movaps  (%rbx,%rax), %xmm0
        mulps   %xmm2, %xmm0
        movups  (%rdx,%rax), %xmm1
        mulps   %xmm1, %xmm0
        movups  %xmm0, (%rdx,%rax)
        addq    , %rax
        cmpq    000, %rax
        jne     .L2
        addq    , %rcx             # no scalar cleanup: gcc noticed that the row length is a multiple of 4 elements
        addq    000, %rdx
        cmpq    %rsi, %rcx
        jne     .L3

        ... print and free
        ret

存储到三角数组的循环应该可以向量化,但每行末尾的效率低下。根据您发布的 asm,gcc 实际上对两者都进行了自动矢量化。我希望我先看看它,而不是相信你的话,它需要手动矢量化。 :(

.L6:   # from the first asm dump.
    movaps  (%rbx,%r8), %xmm1
    addq    , %r9
    mulps   %xmm2, %xmm1
    movups  (%r10,%r8), %xmm3
    mulps   %xmm3, %xmm1
    movups  %xmm1, (%r10,%r8)
    addq    , %r8
    cmpq    %rcx, %r9
    jb      .L6

这看起来与我的手动矢量化版本将编译成的内循环一模一样。 .L4 是对一行中最后最多 3 个元素的完全展开标量清理。 (所以它可能不如我的代码好)。尽管如此,它还是相当不错的,自动矢量化可以让您利用 AVX 和 AVX512 而无需更改源代码

我编辑了你的问题,将 link 添加到 Godbolt 的代码中,两个版本都作为单独的函数。我没有花时间将它们转换为将数组作为函数参数,因为那样我就必须花时间来正确设置所有 __restrict__ 关键字,并告诉 gcc 数组在 a 上对齐4B * 16 = 64 字节边界,因此它可以根据需要使用对齐加载。


在一行中,您每次都使用相同的 ar_rdia[i],因此您在行的开头将其广播到向量中一次。然后你只需在源 ar_rdia[j + 0..3] 和目标 ar_triangular[k + 0..3].

之间进行垂直操作

要处理行末尾的最后几个不是矢量大小倍数的元素,我们有两个选择:

  • 向量化循环后的标量(或更窄的向量)回退/清理,处理每行的最后最多 3 个元素。
  • i 上的循环展开 4,并使用最佳序列处理最后剩下的奇数 0、1、2 和 3 元素一排。因此 j 上的循环将重复 4 次,每次之后都有固定的清理。 这可能是最佳方法。
  • 让最终向量迭代超过一行的末尾,而不是在最后一个完整向量之后停止。所以我们重叠了下一行的开头。由于您的操作不是幂等的,因此此选项效果不佳。此外,确保 k 正确更新为下一行的开头需要一些额外的代码。

    不过,这将是可能的,方法是让行的最终向量混合乘数,使当前行末尾以外的元素乘以 1.0(乘法恒等式)。这应该是可行的 blendvpswith a vector of 1.0 to replace some elements of ar_rdia[i] * ar_rdia[j + 0..3]. We'd also have to create a selector mask (maybe by indexing into an array of int32_t row_overshoot_blend_window {0, 0, 0, 0, -1, -1, -1} using j-i as the index, to take a window of 4 elements). Another option is branching to select either no blend or one of three immediate blends (blendps 更快,并且不需要矢量控制掩码,并且分支将有一个容易预测的 table 模式)。

    当来自 ar_triangular 的负载与最后一行末尾的存储重叠时,这会导致每 4 行中的 3 行开始时存储转发失败。 IDK 哪个表现最好。

    另一个可能更好的选择是执行超过行尾的加载,并使用打包的 SIMD 进行数学计算,然后有条件地存储 1 到 4 个元素。

    不读取您分配的内存之外的内容可能需要在缓冲区的末尾留下填充,例如如果最后一行不是 4 个元素的倍数。

/****** Normalize a triangular matrix using SIMD multiplies,
   handling the ends of rows with narrower cleanup code *******/

// size_t i,j,k;   // don't do this in C++ or C99.  Put declarations in the narrowest scope possible.  For types without constructors/destructors, it's still a style / human-readability issue

size_t k = 0;
for(size_t i = 0; i < n; ++i){
    // maybe put this inside the for() loop and let the compiler hoist it out, to avoid doing it for small rows where the vector loop doesn't even run once.
    __m128 vrdia_i = _mm_set1_ps(ar_rdia[i]);  // broadcast-load: very efficient with AVX, load+shuffle without.  Only done once per row anyway.
    size_t j = 0;
    for(j = 0; j < (i-3); j+=4){  // vectorize over this loop
       __m128 vrdia_j  = _mm_loadu_ps(ar_rdia + j);
       __m128 scalefac = _mm_mul_ps(vrdia_j, v_rdia_i);

       __m128 vtri       = _mm_loadu_ps(ar_triangular + k);
       __m128 normalized = _mm_mul_ps(scalefac , vtri);
       _mm_storeu_ps(ar_triangular + k, normalized);
       k += 4;
    }
    // scalar fallback / cleanup for the ends of rows.  Alternative: blend scalefac with 1.0 so it's ok to overlap into the next row.

 /*  Fine in theory, but gcc likes to make super-bloated code by auto-vectorizing cleanup loops.  Besides, we can do better than scalar
    for ( ; j < i; ++j ){
       ar_triangular[k] *= ar_rdia[i]*ar_rdia[j];     ++k;   }
 */

    if ((i-j) >= 2) {  // load 2 floats (using movsd to zero the upper 64 bits, so mulps doesn't slow down or raise exceptions on denormals or NaNs
        __m128 vrdia_j = _mm_castpd_ps( _mm_load_sd(static_cast<const double*>(ar_rdia+j)) );
       __m128 scalefac = _mm_mul_ps(vrdia_j, v_rdia_i);

       __m128 vtri       = _mm_castpd_ps( _mm_load_sd(static_cast<const double*>(ar_triangular + k) ));
       __m128 normalized = _mm_mul_ps(scalefac , vtri);
       _mm_storel_pi(static_cast<__m64*>(ar_triangular + k), normalized);      // movlps.  Agner Fog's table indicates that Nehalem decodes this to 2 uops, instead of 1 for movsd.  Bizarre!
       j+=2;
       k+=2;
    }
    if (j<i) {  // last single element
        ar_triangular[k] *= ar_rdia[i]*ar_rdia[j];
        ++k;
        //++j;     // end of the row anyway.  A smart compiler would still optimize it away...
    }
    // another possibility: load 4 elements and do the math, then movss, movsd, movsd + extractps (_mm_extractmem_ps), or movups to store the last 1, 2, 3, or 4 elements of the row.
    // don't use maskmovdqu; it bypasses cache
}

movsdmovlps 等同于存储,但不等同于负载。参见 . Update: Agner Fog's insn tables indicate that Nehalem decodes MOVH/LPS/D to 2 fused-domain uops。他们还说 SnB 将其解码为 1,但 IvB 将其解码为 2 uops。那一定是错的。对于 Haswell,他的 table 将内容拆分为 movlps/d(1 个微融合 uop)和 movhps/d(也是 1 个微融合 uop)的单独条目。 movlps 的存储形式是 2 uops 并且任何东西都需要 shuffle port 是没有意义的;它与 movsd 商店的功能完全相同。

如果您的矩阵非常大,不必太担心行尾处理。如果它们很小,那么总时间的更多部分将花费在行的末尾,因此值得尝试多种方法,并仔细查看 asm.


如果源数据是连续的,您可以在此处轻松地即时计算 rsqrt。否则,是的,只将对角线复制到数组中(并在执行该复制时计算 rsqrt,而不是 。在从矩阵的对角线复制到数组时使用标量 rsqrtss 并且没有 NR 步骤,或手动将元素收集到 SIMD 向量中(使用 _mm_set_ps(a[i][i], a[i+1][i+1], a[i+2][i+2], a[i+3][i+3]) 让编译器选择混洗)并执行 rsqrtps + NR 步骤,然后将 4 个结果的向量存储到数组中。


小问题:避免在行尾不做全向量造成的浪费

矩阵的开头是一个特例,因为三个 "ends" 在前 6 个元素中是连续的。 (第 4 行有 4 个元素)。可能值得对此进行特殊处理,并使用两个 SSE 向量来处理前 3 行。或者也许只是前两行在一起,然后第三行作为一个单独的 3 组。实际上,一组 4 和一组 2 是最佳的,因为 SSE 可以做那些 8B 和 16B loads/stores ,但不是 12B。

前 6 个比例因子是 ar_rdia 的前三个元素的乘积,因此我们可以进行单个矢量加载并以多种方式对其进行打乱。

ar_rdia[0]*ar_rdia[0]
ar_rdia[1]*ar_rdia[0], ar_rdia[1]*ar_rdia[1],
ar_rdia[2]*ar_rdia[0], ar_rdia[2]*ar_rdia[1], ar_rdia[2]*ar_rdia[2]
                     ^
               end of first vector of 4 elems, start of 2nd.

事实证明,编译器并不擅长发现和利用这里的模式,因此要在这里获得前 10 个元素的最佳代码,我们需要剥离这些迭代并手动优化洗牌和乘法。我决定做前 4 行,因为第 4 行仍然重用 ar_rdia[0..3] 的 SIMD 向量。该向量甚至仍然被第 4 行(第五行)的第一个向量宽度使用。

还值得考虑:做 2、4、4 而不是这个 4、2、4。

void triangular_first_4_rows_manual_shuffle(float *tri, const float *ar_rdia)
{
  __m128 vr0 = _mm_load_ps(ar_rdia);      // we know ar_rdia is aligned

  // elements 0-3    // row 0, row 1, and the first element of row 2
  __m128 vi0 = _mm_shuffle_ps(vr0, vr0, _MM_SHUFFLE(2, 1, 1, 0));
  __m128 vj0 = _mm_shuffle_ps(vr0, vr0, _MM_SHUFFLE(0, 1, 0, 0));
  __m128 sf0  = vi0 * vj0;  // equivalent to _mm_mul_ps(vi0, vj0); // gcc defines __m128 in terms of GNU C vector extensions
  __m128 vtri = _mm_load_ps(tri);
  vtri *= sf0;
  _mm_store_ps(tri, vtri);
  tri += 4;

  // elements 4 and 5, last two of third row
  __m128 vi4 = _mm_shuffle_ps(vr0, vr0, _MM_SHUFFLE(3, 3, 2, 2));   // can compile into unpckhps, saving a byte.  Well spotted by clang
  __m128 vj4 = _mm_movehl_ps(vi0, vi0);   // save a mov by reusing a previous shuffle output, instead of a fresh _mm_shuffle_ps(vr0, vr0, _MM_SHUFFLE(2, 1, 2, 1)); // also saves a code byte (no immediate)
  // actually, a movsd from ar_ria+1 would get these two elements with no shuffle.  We aren't bottlenecked on load-port uops, so that would be good.
  __m128 sf4 = vi4 * vj4;
  //sf4 = _mm_movehl_ps(sf4, sf4);        // doesn't save anything compared to shuffling before multiplying
  // could use movhps to load and store *tri to/from the high half of an xmm reg, but each of those takes a shuffle uop
  // so we shuffle the scale-factor down to the low half of a vector instead.
  __m128 vtri4  = _mm_castpd_ps(_mm_load_sd((const double*)tri));  // elements 4 and 5
  vtri4 *= sf4;
  _mm_storel_pi((__m64*)tri, vtri4);  // 64bit store.  Possibly slower than movsd if Agner's tables are right about movlps, but I doubt it
  tri += 2;

  // elements 6-9 = row 4, still only needing elements 0-3 of ar_rdia
  __m128 vi6 = _mm_shuffle_ps(vr0, vr0, _MM_SHUFFLE(3, 3, 3, 3));  // broadcast.  clang puts this ahead of earlier shuffles.  Maybe we should put this whole block early and load/store this part of tri, too.
  //__m128 vi6 = _mm_movehl_ps(vi4, vi4);
  __m128 vj6 = vr0; // 3, 2, 1, 0 already in the order we want
  __m128 vtri6 = _mm_loadu_ps(tri+6);
  vtri6 *= vi6 * vj6;
  _mm_storeu_ps(tri+6, vtri6);
  tri += 4;
  // ... first 4 rows done
}

gcc 和 clang 编译它与 -O3 -march=nehalem 非常相似(启用 SSE4.2 但不启用 AVX)。 See the code on Godbolt, with some other versions that don't compile as nicely:

    # gcc 5.3
    movaps  xmm0, XMMWORD PTR [rsi]     # D.26921, MEM[(__v4sf *)ar_rdia_2(D)]
    movaps  xmm1, xmm0  # tmp108, D.26921
    movaps  xmm2, xmm0  # tmp111, D.26921
    shufps  xmm1, xmm0, 148     # tmp108, D.26921,
    shufps  xmm2, xmm0, 16      # tmp111, D.26921,
    mulps   xmm2, xmm1    # sf0, tmp108
    movhlps xmm1, xmm1        # tmp119, tmp108
    mulps   xmm2, XMMWORD PTR [rdi]       # vtri, MEM[(__v4sf *)tri_5(D)]
    movaps  XMMWORD PTR [rdi], xmm2     # MEM[(__v4sf *)tri_5(D)], vtri
    movaps  xmm2, xmm0  # tmp116, D.26921
    shufps  xmm2, xmm0, 250     # tmp116, D.26921,
    mulps   xmm1, xmm2    # sf4, tmp116
    movsd   xmm2, QWORD PTR [rdi+16]      # D.26922, MEM[(const double *)tri_5(D) + 16B]
    mulps   xmm1, xmm2    # vtri4, D.26922
    movaps  xmm2, xmm0  # tmp126, D.26921
    shufps  xmm2, xmm0, 255     # tmp126, D.26921,
    mulps   xmm0, xmm2    # D.26925, tmp126
    movlps  QWORD PTR [rdi+16], xmm1    #, vtri4
    movups  xmm1, XMMWORD PTR [rdi+48]  # tmp129,
    mulps   xmm0, xmm1    # vtri6, tmp129
    movups  XMMWORD PTR [rdi+48], xmm0  #, vtri6
    ret

前 4 行总共只有 22 条指令,其中 4 条是 movaps reg-reg moves。 (clang 只用 3 条指令管理,总共有 21 条指令)。我们可能会通过从 ar_rdia+1[ x x 2 1 ] 放入带有 movsd 的向量中来保存一个,而不是另一个 movaps + shuffle。并降低洗牌端口(和一般的 ALU 微处理器)上的压力。

对于 AVX,clang 使用 vpermilps 进行大多数随机播放,但这只会浪费一个字节的代码大小。除非它省电(因为它只有 1 个输入),否则没有理由比 shufps 更喜欢它的直接形式,除非你可以将负载折叠到它里面。


我考虑过使用 palignr 总是一次 4 次通过三角矩阵,但这几乎肯定更糟。你会一直需要那些 palignr,而不仅仅是在最后。

我认为行尾的额外复杂性/更窄 loads/stores 只会让无序执行有事可做。对于大型问题,您将花费大部分时间在内循环中一次执行 16B。这可能会成为内存瓶颈,因此只要无序执行尽可能快地从内存中拉取缓存行,行末的内存密集型工作基本上是免费的。

所以三角矩阵对于这个用例来说仍然很好;保持你的工作集密集和连续内存似乎很好。根据您下一步要做什么,这可能是理想的,也可能不是。