运行外部 R 脚本 n 次并将输出保存在数据框中

Question

我有一个数百行的 R 脚本，其中包括几个随机化函数。每次我运行它都会得到不同的结果。

我正在考虑对我的模型进行敏感性分析，我有兴趣运行对我的脚本进行数百次测试并比较结果。

经过一些研究，我发现 lapply 和 knitr 的组合可能是一个可能的解决方案：

result <- c("B:/Documents/result.R")
resultsList <- lapply(1:100, function(n) knit(input=result, NULL))

不幸的是，这不起作用。谁能解释一下为什么？

非常感谢！

更新

脚本如下所示：

#Records
dataID = c(01, 03, 05) 
localityNumber = c(2000, 4000, 5000) 
records = data.frame(dataID, localityNumber)

#Locality number / Postcode conversion table
localityNumber = c(2000, 2000, 2000, 4000, 5000)
postCode = c(6766, 6767, 6768, 7041, 8046) 
allocationTable = data.frame(localityNumber,postCode)

rm(dataID, localityNumber, postCode)

#Create random postcode id
count <- aggregate(allocationTable, by=list(allocationTable$localityNumber), FUN=length)
names(count) <- c("localityNumber", "count", "count.2")
allocationTable <- join(x=allocationTable, y=count)

#Test with for localityNumber with three postcodes
allocationThree <- allocationTable[which (allocationTable$count == "3"),]
testThree <- nrow(allocationThree) / 3
repThree <- rep(1:3, testThree)
allocationThree$id <- repThree
allocationThree$count <- allocationThree$count.2 <- NULL
rm(count, rep, testThree)

records$id <- repThree

#Randomly allocate
records <- join(records, allocationThree)

我想多次重复此脚本并将 records data.frame 的值存储在列表中。

Answer 1

你可以试试下面的命令；请注意，您可以将时间更改为您想要的任何数字

repeatedfunction <- c(mapply(list, FUN=**the name of your function** (args),times=100 ))

Answer 2

尝试添加 records 添加脚本的末尾，以便它输出 records 数据帧。

然后您可以运行:

result_list<-lapply(1:100, function(n)source("your_script.R"))

如果你想rbind所有数据帧，你可以这样做：

do.call(cbind,lapply(result_list,function(x) x$value))

Answer 3

另一种选择是将脚本包装成一个函数，方法是：

my_function <- function() {

在顶部并且

在底部。

这样，您可以 source 它一次，然后使用 plyr 包中的 ldply：

results <- rdply(100, myFunction())

如果您想要一个列来标识哪个迭代，您可以使用：

results <- ldply(1:100, function(i) data.frame(iteration = i, myFunction())

运行 外部 R 脚本 n 次并将输出保存在数据框中

Run external R script n times and save outputs in a data frame

r

knitr

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运行外部 R 脚本 n 次并将输出保存在数据框中