为什么 FastQC 在使用 Trim galore 后无法正常工作?
Why is FastQC not working after using Trim galore?
我有一个 FASTQ 文件,我可以 运行 FASTQC 程序来分析该文件。但是当我使用 trim_galore
时,FASTQC(或 trim_galore
中的 FASTQC 选项)不再工作。
$ fastqc ./sub1_val_1.fq.gz
这是输出:
Started analysis of sub1_val_1.fq.gz
Analysis complete for sub1_val_1.fq.gz
Failed to process file sub1_val_1.fq.gz
java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: -1
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.SequenceLengthDistribution.calculateDistribution(SequenceLengthDistribution.java:100)
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.SequenceLengthDistribution.raisesError(SequenceLengthDistribution.java:184)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:336)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:84)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:695)
Failed to process file
是否因为 trim_galore 和 FastQC 之间的版本不正确而出错?
我found this, but that wasn't that helpful.
我正在使用 FastQC v0.11.5 和 trim_galore v0.4.1。
我使用以下方法对文库进行了子集化(双端读取):
seqtk sample -s100 ./SRR2937435_1.fastq.gz 10000 | gzip > sub1.fastq.gz
seqtk sample -s100 ./SRR2937435_2.fastq.gz 10000 | gzip > sub2.fastq.gz
sub1_val_1.fq.gz
文件是在将 sub1.fastq.gz
传递到 trim_galore 之后。 sub1.fastq.gz
的 FastQC 正在运行。
注意: 如在 biostars.org.
上发布的建议
我找到了答案:
你必须解压缩它。可能 trim_galore
仅适用于 tar.gz 而不是 fastq.gz。
gzip -d -k sub1.fastq.gz > sub1.fastq
y # to accept to overwrite
gzip -d -k sub2.fastq.gz > sub2.fastq
y # to accept to overwrite
trim_galore --illumina --paired --fastqc sub1.fastq sub2.fastq
我有一个 FASTQ 文件,我可以 运行 FASTQC 程序来分析该文件。但是当我使用 trim_galore
时,FASTQC(或 trim_galore
中的 FASTQC 选项)不再工作。
$ fastqc ./sub1_val_1.fq.gz
这是输出:
Started analysis of sub1_val_1.fq.gz
Analysis complete for sub1_val_1.fq.gz
Failed to process file sub1_val_1.fq.gz
java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: -1
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.SequenceLengthDistribution.calculateDistribution(SequenceLengthDistribution.java:100)
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.SequenceLengthDistribution.raisesError(SequenceLengthDistribution.java:184)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:336)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:84)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:695)
Failed to process file
是否因为 trim_galore 和 FastQC 之间的版本不正确而出错?
我found this, but that wasn't that helpful.
我正在使用 FastQC v0.11.5 和 trim_galore v0.4.1。
我使用以下方法对文库进行了子集化(双端读取):
seqtk sample -s100 ./SRR2937435_1.fastq.gz 10000 | gzip > sub1.fastq.gz
seqtk sample -s100 ./SRR2937435_2.fastq.gz 10000 | gzip > sub2.fastq.gz
sub1_val_1.fq.gz
文件是在将 sub1.fastq.gz
传递到 trim_galore 之后。 sub1.fastq.gz
的 FastQC 正在运行。
注意: 如在 biostars.org.
上发布的建议我找到了答案:
你必须解压缩它。可能 trim_galore
仅适用于 tar.gz 而不是 fastq.gz。
gzip -d -k sub1.fastq.gz > sub1.fastq
y # to accept to overwrite
gzip -d -k sub2.fastq.gz > sub2.fastq
y # to accept to overwrite
trim_galore --illumina --paired --fastqc sub1.fastq sub2.fastq