删除调试打印后出现分段错误

Question

我有一个（对我来说）非常奇怪的分段错误。起初，我认为这是我的 4 个内核之间由于 openmp 的干扰，但是从等式中删除 openmp 不是我想要的。事实证明，当我这样做时，segfault 仍然会发生。

奇怪的是，如果我在 inner-do 中的任何地方添加 print 或 write，它就会起作用。

subroutine histogrambins(rMatrix, N, L,  dr, maxBins, bins)
    implicit none;

    double precision, dimension(N,3), intent(in):: rMatrix;
    integer, intent(in) :: maxBins, N;
    double precision, intent(in) :: L, dr;

    integer, dimension(maxBins, 1), intent(out)  :: bins;

    integer :: i, j, b;  
    double precision, dimension(N,3) :: cacheParticle, cacheOther;
    double precision :: r;
    do b= 1, maxBins
        bins(b,1) = 0;
    end do 
    !$omp parallel do &
    !$omp default(none) &
    !$omp firstprivate(N, L, dr, rMatrix, maxBins) &
    !$omp private(cacheParticle, cacheOther, r, b) &
    !$omp shared(bins) 
    do i = 1,N 
        do j = 1,N
            !Check the pair distance between this one (i) and its (j) closest image 
            if (i /= j) then 
                !should be faster, because it doesn't have to look for matrix indices 
                cacheParticle(1, :) = rMatrix(i,:); 
                cacheOther(1, :) = rMatrix(j, :);  

                call inbox(cacheParticle, L);
                call inbox(cacheOther, L);  
                call closestImage(cacheParticle, cacheOther, L);    
                r = sum( (cacheParticle - cacheOther) * (cacheParticle - cacheOther) ) ** .5; 
                if (r /= r) then
                    ! r is NaN 
                     bins(maxBins,1) = bins(maxBins,1) + 1;
                else   
                     b = floor(r/dr);
                     if (b > maxBins) then
                         b = maxBins;
                     end if     

                     bins(b,1) = bins(b,1) + 1;
                end if
            end if
        end do
    end do
    !$omp end parallel do
end subroutine histogramBins

我在 f2py 命令中启用了 -debug-capi:

f2py --fcompiler=gfortran --f90flags="-fopenmp -fcheck=all" -lgomp --debug-capi --debug -m -c modulename module.f90;

这给了我这个：

debug-capi:Fortran subroutine histogrambins(rmatrix,&n,&l,&dr,&maxbins,bins)'
At line 320 of file mol-dy.f90
Fortran runtime error: Aborted

它还进行大量其他检查，列出给定的参数和调用的其他子例程等等。

反正调用的两个子程序都是非并行子程序。我在其他几个子程序中使用它们，我认为最好不要用另一个子程序的并行代码调用一个并行子程序。因此，在处理此函数时，没有其他函数应该处于活动状态。

这是怎么回事？添加 "print *, ;"" 如何导致段错误消失？

感谢您的宝贵时间。

Answer 1

打印语句影响并创建或删除段错误的情况并不少见。原因是它们改变了内存的布局方式，以便为正在打印的字符串腾出空间，或者如果你正在做一些格式化，你将为临时字符串腾出空间。该更改可能足以导致错误在第一次出现时崩溃或消失。

我看到你是从 Python 打电话来的。如果您使用 Linux - 您可以尝试遵循 a guide to using a debugger with Fortran called from Python 并找到导致崩溃的行和数据值。此方法也适用于 OpenMP。您也可以尝试使用 GDB 作为调试器。

如果没有您问题的源代码，我认为您不太可能 "answer" 回答这个问题 - 但希望上述想法能帮助您自己解决这个问题。

使用调试器（以我的经验）比使用 print 语句更不可能出现这种现在你看到它现在你不这样做的行为（如果只使用一个线程，几乎可以肯定是这样） .

删除调试打印后出现分段错误

Segmentation fault after removing debug printing

python

fortran

f2py