Protege 看到关系，Virtuoso 没有

Question

正在查看 go-plus ontology in a freshly installed, stock Protégé 5, I found a useful inference in the entities tab for http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215：

'cardiac right ventricle morphogenesis' 'results in morphogenesis of'一些'cardiac ventricle'

'results in morphogenesis of' 在这种情况下是 http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002298 and 'cardiac ventricle' is http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002082

如果我将相同的 ontology 加载到 Virtuoso Open Source 07.20.3217 并描述 http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215, no relationship with 'cardiac ventricle' is listed. (Even after enabling OWL inference.)

但是，http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215 链接到具有

的匿名节点

rdf:type           owl:Restriction 
owl:onProperty     n3:RO_0002298 
owl:someValuesFrom n3:UBERON_0002080

其中 n3 是 http://purl.obolibrary.org/obo/

是否有 Virtuoso 配置可以在 describe 视图中清楚地显示这种关系？

是否有一些简明的 SPARQL 语法可以使关系清晰？目前，我正在使用

select distinct ?goid (str(?goterm) as ?go_str)
?svf (str(?anatomy ) as ?anat_str)
where
{
  ?goid obo:hasOBONamespace 'biological_process'^^xsd:string .
  ?goid  rdfs:label ?goterm .
  ?goid rdfs:subClassOf+ ?parent .
  ?parent owl:someValuesFrom* ?svf .
  ?svf rdfs:subClassOf+
  <http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0001062> .
  ?svf rdfs:label ?anatomy
}

Answer 1

如何在 Virtuoso 中启用 OWL 推理？你应该知道它不支持OWL DL推理，只支持某种基于规则的推理，只涵盖OWL DL的一小部分。另一方面，Protege 通过 HermiT、Pellet 等推理机支持 OWL 深度学习推理

如果您的意思是 "enable OWL inference" 只是在 rdfs:subClassOf 关系上使用 SPARQL 1.1 proeprty 路径，那么这与 OWL DL 推理相去甚远。它只是意味着从图中的起始节点考虑该关系的传递闭包，仅此而已。

Answer 2

这里有很多事情要做。

您可以使用属性路径进行传递，如@ASKW 的评论中所述。

如果您想利用 Virtuoso 的 built-in reasoning for relationship types described by RDF Schema (rdfs:subClassOf, rdfs:subPropertyOf, rdfs:subClassOf) or OWL (owl:equivalentProperty, owl:equivalentClass, owl:SymmetricProperty, owl:inverseOf, etc.), then you can leverage the inference rules pragma as described in @MarkMiller's comments (note reference to a blog post about that usage pattern)。

如果您想编写自定义推理规则（即 use SPARQL as your Inference Rules language），那么您将需要提供该功能的 Virtuoso 8.0（即将推出）。请注意，这是最终的解决方案，因为您可以使用 SPARQL 编写自己的算法。

Protege 看到关系，Virtuoso 没有

Protege sees relationship, Virtuoso doesn't

rdf

owl

sparql

protege

virtuoso