R BiocCheck：也许它们是加载了 data() 的数据集的一部分？

Question

我从 BiocCheck（针对生物导体）收到以下消息：

Checking to see if we understand object initialization....
* CONSIDER: Clarifying how objects ‘predict, qnorm, predict, lm,
  coef, nls, coef, head, tail’ (used in .fitCurve, .getLODR,
  .lm2str, .m2str, .plotSigmoid, estimateLOQ , estimateLOQ,
  plotROC, plotScatter) were initialized. Maybe they are part of a
  data set loaded with data(), or perhaps part of an object
  referenced in with() or within().

上面提到的两个函数：

.m2str <- function(m)
{
    eq <- substitute(italic(y) == a + b * italic(x)*','~~italic(r)^2~'='~r2, 
                 list(a  = format(coef(m)[1], digits = 2), 
                      b  = format(coef(m)[2], digits = 2), 
                      r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
    as.character(as.expression(eq));
}

.lm2str <- function(data)
{
    return (.m2str(lm(y~x, data)))
}

问：留言是什么意思？

Answer 1

您是否将这些函数编写为 R 包的一部分？当你调用像 lm 或 head 这样的函数时，你应该指定这些函数来自哪个 R 包（例如写 stats::lm 或 utils::head）。对于不是来自 "base".

的任何函数，通常应该这样做

R BiocCheck：也许它们是加载了 data() 的数据集的一部分？

R BiocCheck: Maybe they are part of a data set loaded with data()?

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