Python Networkx：saving/serializing 网络到硬盘时保留节点 ID

Question

我在 Python 中使用 networkx1.10 的项目需要将网络转储到硬盘上，然后重新加载它们，以便继续执行一些操纵此类网络的算法。

我一直在尝试以几种不同的方式做到这一点：首先使用 nx.write_gml() 和 nx_read_gml()，现在使用 pickle/cpickle.

虽然从表面上看一切似乎都正常，但我注意到无论 saving/loading 在某个时间点是否发生，我在模拟中得到了不同的结果。

我认为这可能与某些网络似乎被 dumping/reloading 程序修改有关（这当然是意外的）。

为了调试，现在我用 pickle 保存并重新加载每个网络，比较它们在 dumping/reloading 前后的 gml 表示（通过 nx.write_gml / nx.generate_gml 实现）。这样做时，我注意到了一些差异。

在某些情况下，修改的只是一些图形属性的顺序，不会对我的程序造成任何损害。在其他情况下，gml 表示中两条边出现的顺序不同，同样没有坏处。

但是，经常会修改某些节点的 ID，如本例所示：

https://www.diffchecker.com/zvzxrshy

虽然边缘似乎被相应地修改，因此网络看起来是等效的，但 ID 中的这种变化可能会改变我的模拟（出于我不打算解释的原因）。

我相信这可能是我问题的根源。

您知道为什么会发生这种情况吗，即使是在使用 pickle/cpickle 实现的低级序列化机制时也是如此？

如何保证序列化前后的网络完全一致？

我正在做这样的事情：

with open('my_network.pickle', 'wb') as handle:
    pickle.dump(my_network, handle, protocol=pickle.HIGHEST_PROTOCOL)
...
with open('my_network.pickle', 'rb') as handle:
    my_network_reloaded = pickle.load(handle)

# compare nx.write_gml for my_network and my_network_reloaded

非常感谢任何帮助：过去三天我一直在与这个问题作斗争，我快要疯了！

谢谢

Answer 1

它们似乎是相同的图形，甚至同构。

您的问题可能是节点顺序。的确，networkx使用dicts来存储节点和边，这些节点和边是无序和随机的。

您有两个解决方案：要么忽略它，要么使用有序图：

>>> class OrderedGraph(nx.Graph):
...    node_dict_factory = OrderedDict
...    adjlist_dict_factory = OrderedDict
>>> G = OrderedGraph()
>>> G.add_nodes_from( (2,1) )
>>> G.nodes()
[2, 1]
>>> G.add_edges_from( ((2,2), (2,1), (1,1)) )
>>> G.edges()
[(2, 2), (2, 1), (1, 1)]

（示例来自 the documentation of the Graph class）

Python Networkx：saving/serializing 网络到硬盘时保留节点 ID

Python Networkx: preserving nodes ID when saving/serializing networks to hardisk

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