如何从包含 htmlwidget 的 rmarkdown 文件生成 md 文件

Question

我正在用这个 rmd

创建一个 html 文件

---
title: "test"
author: "me"
date: '`r Sys.Date()`'
output: html_document 
---

```{r}
data(HairEyeColor)
rpivotTable::rpivotTable(data = HairEyeColor
            , rows = "Hair"
            ,cols="Eye"
            , vals = "Freq"
            , aggregatorName = "Sum"
            , rendererName = "Table"
            , width="100%"
            , height="400px")  
```

和

rmarkdown::render(  input = 'file.RMD' , output_file = 'file.html'
                    , output_format=   html_document(  self_contained=TRUE), clean = FALSE
                    , quiet = FALSE   )

输出没问题，但我需要降价文件 (file.md) 稍后重新创建 html 文件（无法访问数据）

rmarkdown生成两个md文件[file.knit.md]和[file.utf8.md] 但是当我渲染这两个中的任何一个时，file.html 中缺少 html 小部件。

rmarkdown::render(  input = 'file.utf8.md' , output_file = 'file.html'
                    , output_format=   html_document(  self_contained=TRUE)   )

rmarkdown 对 pandoc 的调用有一个 [--include-in-header] 参数指向一个具有小部件依赖项的临时文件，但我没有找到在渲染 md 文件时包含它的方法（即 - include-in-header /tmp/Rtmp1M0RpP/rmarkdown-str1a169e14827.html" )

下面我粘贴了来自 rmarkdown 的 pandoc 调用，但同样，单独执行此命令会生成一个没有 html 小部件的 html 文件。

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS file.utf8.md 
--to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash 
--output test._0021.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone 
--section-divs --template /home/bergel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/default.html 
--variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmpqpGfD1/rmarkdown-str19b5232f45d7.html 
--mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' 
--no-highlight --variable highlightjs=/home/bergel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/highlight 
--variable navigationjs=/home/bergel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/navigation-1.1

我想要带有交互式 html 小部件的 html 文件，而不是小部件的 png。使用下面的代码我可以生成一个 file.md 然后可以呈现一个 html 文件但带有小部件的 png，而不是交互式 js 小部件。

rmarkdown::render(  input = 'file.RMD' , output_file = 'file.md'
                    , output_format=   md_document( ) )

我发现这个问题与这个问题有关： Extract html dependencies for .Rmd file (containing htmlwidgets)

Answer 1

您可以告诉 rmarkdown 将 .md 文件保存在 YAML header（参见 the documentation）：

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title: "test"
author: "me"
date: '`r Sys.Date()`'
output: 
  html_document:
    keep_md: true
---

此外，如果您知道要使用其他选项调用 rmarkdown::render（就像使用 self_contained = TRUE 一样），您还可以在 header 中指定它们：

---
title: "test"
author: "me"
date: '`r Sys.Date()`'
output: 
  html_document:
    keep_md: true
    self_contained: true
---

Answer 2

可以这样做

x <- rmarkdown::render("file.RMD", run_pandoc = FALSE, clean = FALSE)
knit_meta <- attr(x, "knit_meta") 
rmarkdown::render(   input = 'file.knit.md'    , knit_meta = knit_meta )

如何从包含 htmlwidget 的 rmarkdown 文件生成 md 文件

How to generate an md file from a rmarkdown file containing an htmlwidget

r

r-markdown

htmlwidgets