绘制染色体上不同 SNP 的等位基因频率的好方法

Question

我有一组来自基因组不同部分的 SNP 及其在不同人群和感兴趣的集合种群中的等位基因频率。我想沿着所有 22 个常染色体的 SNP 基因组坐标绘制等位基因频率。

基本上，我想从 Sankararaman 等人那里生成类似图 1A 的内容。 (2014) (http://www.nature.com/nature/journal/v507/n7492/fig_tab/nature12961_F1.html) 除了 Y 轴是频率，所有群体都在同一张图上（不分开），我会用彩色点代替尖峰。

我的数据是这样格式化的（MAF = 次要等位基因频率，这就是我想要绘制的图形）

CHR    SNP        COORD   CLST   A1   A2    MAF    MAC  NCHROBS
1   rs###  2####  Region  G    A   0.4   400     1000

（它检查一个区域的所有 SNP，然后检查下一个区域的 SNP，依此类推）

关于如何在 R 中执行此操作的任何建议？谢谢！

Answer 1

这里有一个简单的坐标与频率关系图：

#Example data:
MAF=runif(1000,min=0,max=1)
COORD=runif(1000,min=0,max=100000)
test.df=data.frame(COORD,MAF)

#plot
plot(test.df$COORD,test.df$MAF)

在图中您不需要示例数据，但需要用您的 table 名称代替 test.df。

如果需要美化colors/labels等也可以:

plot(test.df$COORD,test.df$MAF, col="red", pch=18)

或

library(ggplot2)
p=ggplot(test.df,aes(COORD,MAF))
p + geom_point()

Good way to graph allele frequency of different SNPs along chromosomes