R plot.gam 错误 "Error in 1:object$nsdf : argument of length 0"

Question

我正在尝试在 R 中绘制一个 gam 对象，这是我用 gam 包制作的。我收到了 Error in 1:object$nsdf : argument of length 0 when using plot.gam 中报告的相同错误。但是，在那里找到的解决方案更新到最新版本（我认为）对我不起作用。我是运行 R 3.3.1、gam 1.12 和 mgcv 1.8.12（mgcv 是 plot.gam 函数的来源）。

很遗憾，我无法共享我正在使用的数据。但是，以下代码——直接从简介的 p.294 中提取。使用 R 进行统计学习——为我重现错误：

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
plot(gam.mod)

有人知道这里发生了什么或如何解决它吗？

谢谢。

Answer 1

如果您仍然收到此消息，则需要将 mgcv 和 gam 软件包更新到最新版本。 2018 年 2 月对 gam 包进行了重大更改：。这意味着，gam包安装的GAM现在有"Gam"class，即使加载了mgcv包，plot也不会选择mgcv::plot.gam ] 绘制它。

但是，将两个包都放在一个 R 会话中仍然是不安全的。所以2016年提出的以下建议还是非常推荐的

建议

使用这个玩具功能来检查 R 会话是否适合运行 GAM 分析可能是个好主意。

GAM_status <- function () {
  if (all(c("gam", "mgcv") %in% .packages())) print("Not OK")
  else print("OK")
  }

nsdf是严格自由度数，专用于mgcv的术语。正如您提到的：mgcv 是 plot.gam 函数的来源。

问题是您的 R 会话中同时有 gam 和 mgcv 这两个不兼容的包。你用 gam::gam 拟合你的 gam.mod，然后用 mgcv::plot.gam.

绘制模型

请注意，通常使用 :: 的情况在这里将失效。通常当两个包有一些内部屏蔽功能时，:: 是补救措施。但是，对于mgcv和gam，这是完全不可能的。所以我的建议是，如果您使用 gam，请不要在您的 R 会话中触摸 mgcv，反之亦然。

所以，我开始一个新的 R 会话，并执行以下操作，一切都很好！

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
par(mfrow = c(2,2)); plot(gam.mod)

Thank you for your answer. I never actually loaded mgcv, I just assumed it was a dependency for gam. I started a fresh R session and the code you provided worked. I found that it is actually the car library that is causing the same issue.

mgcv 和 gam 不相互依赖，但是由于 mgcv 比 gam 更受欢迎，所以很多包都依赖 mgcv , 例如 car:

car: Companion to Applied Regression

Functions and Datasets to Accompany J. Fox and S. Weisberg, An R  Companion to
Applied Regression, Second Edition, Sage, 2011.
Version:    2.1-3
Depends:    R (≥ 3.2.0)
Imports:    MASS, mgcv, nnet, pbkrtest (≥ 0.4-4), quantreg, grDevices, utils,
            stats, graphics

注意"Imports"字段，library(car)会同时加载这些包。

Answer 2

我的mgcv版本是1.8-28，但是还是有这个问题。考虑将所有 char 变量转换为因子并重新运行 gam() 或 bam()。它对我有用。

R plot.gam 错误 "Error in 1:object$nsdf : argument of length 0"

R plot.gam Error "Error in 1:object$nsdf : argument of length 0"

plot

regression

r

gam

mgcv