在不同的数据表中查找重叠

Question

我有大约 30 条数据table。现在我想在某些 table 的第一列中找到重叠部分并提取它们。结果应该是 table，第一列中的重叠来自两个以上的数据table。这是一个例子：

表 1:

Gen          Estimate    Std. Error    p-Wert
1007_s_at    -0.159699   0.07834       0.04265
1053_at      -0.174647   0.064535      0.0098976
121_at       0.1765678   0.05116854    0.0000657

表 2:

Gen        Estimate     Std. Error   p-Wert
1494_f_at  0.2222467    0.0553653    0.0075838
121_at     0.873683     0.00898737   0.0088378
1316_at    0.098764     0.098456     0.048899
1007_s_at  0.89723      0.5675389    0.00007865

表 3:

Gen        Estimate     Std.Error    p-Wert
1007_s_at  0.0864567    0.8931278    0.005542
121_at     0.2378590    0.0236586    0.00005667
1494_f_at  0.4597023    0.9875357    0.0091234

结果应该是：

Gen      
1007_s_at
121_at

我尝试了 foverlaps 函数，但那只适用于两个数据table。所以它没有用。

我希望有人能提供帮助。谢谢！

Answer 1

我想为此你想使用集合操作。

Set Operations

这应该有效：

dat1 <- data.frame(gen = c("aaaaa", "1494_f_at", "1111", "!!!!"), stringsAsFactors = FALSE)

dat2 <- data.frame(gen = c("1494_f_at", "cccccc", "!!!!","999"), stringsAsFactors = FALSE)

dat3 <- data.frame(gen = c( "!!!!","1494_f_at", "999", "dddddd"), stringsAsFactors = FALSE)

intersect(intersect(dat1[,1], dat2[,1]), dat3[,1])

在不同的数据表中查找重叠

Find overlaps in different datatables

r

bioinformatics

overlap