"The following object is masked from 'package:xxx'" 是什么意思？
What does "The following object is masked from 'package:xxx'" mean?
当我加载一个包时，我收到一条消息：
"The following object is masked from 'package:xxx'
例如，如果我加载 testthat then assertive，我会得到以下内容：
library(testthat)
library(assertive)
## Attaching package: ‘assertive’
##
## The following objects are masked from ‘package:testthat’:
##
## has_names, is_false, is_less_than, is_null, is_true
这条消息是什么意思，我该如何预防？
该消息意味着两个包都具有同名的函数。在这种特殊情况下，testthat 和 assertive 包包含五个同名函数。
当两个函数同名时，调用哪个函数？
R 将通过 search 路径查找函数，并将使用找到的第一个函数。
search()
## [1] ".GlobalEnv" "package:assertive" "package:testthat"
## [4] "tools:rstudio" "package:stats" "package:graphics"
## [7] "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
## [10] "package:methods" "Autoloads" "package:base"
在这种情况下，由于 assertive 在 testthat 之后加载，它出现在搜索路径的较早位置，因此将使用该包中的函数。
is_true
## function (x, .xname = get_name_in_parent(x))
## {
## x <- coerce_to(x, "logical", .xname)
## call_and_name(function(x) {
## ok <- x & !is.na(x)
## set_cause(ok, ifelse(is.na(x), "missing", "false"))
## }, x)
## }
<bytecode: 0x0000000004fc9f10>
<environment: namespace:assertive.base>
testthat中的函数无法通过通常的方式访问；也就是说，他们已被 掩盖。
如果我想使用屏蔽功能之一怎么办？
您可以在调用函数时使用双冒号运算符 :: 显式提供包名称。例如：
testthat::is_true
## function ()
## {
## function(x) expect_true(x)
## }
## <environment: namespace:testthat>
如何隐藏消息？
如果您知道函数名称冲突，并且不想再次看到它，您可以通过将 warn.conflicts = FALSE 传递给 library 来抑制消息。
library(testthat)
library(assertive, warn.conflicts = FALSE)
# No output this time
或者，使用 suppressPackageStartupMessages 抑制消息：
library(testthat)
suppressPackageStartupMessages(library(assertive))
# Also no output
R 的启动过程对函数屏蔽的影响
如果您更改了 R 的一些启动配置选项（请参阅 ?Startup），您可能会遇到与您预期不同的函数屏蔽行为。 ?Startup 中列出的事情发生的精确顺序应该可以解开大多数谜团。
例如，那里的文档说：
Note that when the site and user profile files are sourced only the
base package is loaded, so objects in other packages need to be
referred to by e.g. utils::dump.frames or after explicitly loading the
package concerned.
这意味着当通过 .Rprofile 等文件加载第 3 方包时，您可能会看到这些包中的函数被 stats 等默认包中的函数所掩盖，而不是相反，如果您在 R 的启动程序完成后加载了第 3 方包。
如何列出所有屏蔽函数？
首先，获取搜索路径上所有环境的特征向量。为方便起见，我们将用自己的值命名此向量的每个元素。
library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)
对于每个环境，获取导出的函数（和其他变量）。
fns <- lapply(envs, ls)
将其转换为数据框，以便与 dplyr 一起使用。
fns_by_env <- data_frame(
env = rep.int(names(fns), lengths(fns)),
fn = unlist(fns)
)
查找对象多次出现的情况。
fns_by_env %>%
group_by(fn) %>%
tally() %>%
filter(n > 1) %>%
inner_join(fns_by_env)
要对此进行测试，请尝试加载一些存在已知冲突的包（例如，Hmisc, AnnotationDbi）。
如何防止名称冲突错误？
每当您尝试使用名称不明确的变量时，conflicted 程序包会抛出一个错误并提供有用的错误消息。
library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
## * Hmisc::units
## * base::units
我也遇到了同样的问题。我用 remove.packages("Package making this confusion") 避免了它并且它有效。就我而言，我不需要第二个包，所以这不是一个好主意。
当我加载一个包时，我收到一条消息：
"The following object is masked from 'package:xxx'
例如，如果我加载 testthat then assertive，我会得到以下内容：
library(testthat)
library(assertive)
## Attaching package: ‘assertive’
##
## The following objects are masked from ‘package:testthat’:
##
## has_names, is_false, is_less_than, is_null, is_true
这条消息是什么意思，我该如何预防？
该消息意味着两个包都具有同名的函数。在这种特殊情况下，testthat 和 assertive 包包含五个同名函数。
当两个函数同名时，调用哪个函数？
R 将通过 search 路径查找函数，并将使用找到的第一个函数。
search()
## [1] ".GlobalEnv" "package:assertive" "package:testthat"
## [4] "tools:rstudio" "package:stats" "package:graphics"
## [7] "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
## [10] "package:methods" "Autoloads" "package:base"
在这种情况下，由于 assertive 在 testthat 之后加载，它出现在搜索路径的较早位置，因此将使用该包中的函数。
is_true
## function (x, .xname = get_name_in_parent(x))
## {
## x <- coerce_to(x, "logical", .xname)
## call_and_name(function(x) {
## ok <- x & !is.na(x)
## set_cause(ok, ifelse(is.na(x), "missing", "false"))
## }, x)
## }
<bytecode: 0x0000000004fc9f10>
<environment: namespace:assertive.base>
testthat中的函数无法通过通常的方式访问；也就是说，他们已被 掩盖。
如果我想使用屏蔽功能之一怎么办？
您可以在调用函数时使用双冒号运算符 :: 显式提供包名称。例如：
testthat::is_true
## function ()
## {
## function(x) expect_true(x)
## }
## <environment: namespace:testthat>
如何隐藏消息？
如果您知道函数名称冲突，并且不想再次看到它，您可以通过将 warn.conflicts = FALSE 传递给 library 来抑制消息。
library(testthat)
library(assertive, warn.conflicts = FALSE)
# No output this time
或者，使用 suppressPackageStartupMessages 抑制消息：
library(testthat)
suppressPackageStartupMessages(library(assertive))
# Also no output
R 的启动过程对函数屏蔽的影响
如果您更改了 R 的一些启动配置选项（请参阅 ?Startup），您可能会遇到与您预期不同的函数屏蔽行为。 ?Startup 中列出的事情发生的精确顺序应该可以解开大多数谜团。
例如，那里的文档说：
Note that when the site and user profile files are sourced only the base package is loaded, so objects in other packages need to be referred to by e.g. utils::dump.frames or after explicitly loading the package concerned.
这意味着当通过 .Rprofile 等文件加载第 3 方包时，您可能会看到这些包中的函数被 stats 等默认包中的函数所掩盖，而不是相反，如果您在 R 的启动程序完成后加载了第 3 方包。
如何列出所有屏蔽函数？
首先，获取搜索路径上所有环境的特征向量。为方便起见，我们将用自己的值命名此向量的每个元素。
library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)
对于每个环境，获取导出的函数（和其他变量）。
fns <- lapply(envs, ls)
将其转换为数据框，以便与 dplyr 一起使用。
fns_by_env <- data_frame(
env = rep.int(names(fns), lengths(fns)),
fn = unlist(fns)
)
查找对象多次出现的情况。
fns_by_env %>%
group_by(fn) %>%
tally() %>%
filter(n > 1) %>%
inner_join(fns_by_env)
要对此进行测试，请尝试加载一些存在已知冲突的包（例如，Hmisc, AnnotationDbi）。
如何防止名称冲突错误？
每当您尝试使用名称不明确的变量时，conflicted 程序包会抛出一个错误并提供有用的错误消息。
library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
## * Hmisc::units
## * base::units
我也遇到了同样的问题。我用 remove.packages("Package making this confusion") 避免了它并且它有效。就我而言，我不需要第二个包，所以这不是一个好主意。