在 Python 中使用 hdf5 库和 ctypes

Question

我想直接从 Python 和 ctypes 使用 hdf5 库。我知道 h5py 和 PyTables 可以完美地完成这项工作。我想这样做的原因：我需要使用 Python 解释器处理 hdf5 文件，但我无法安装任何包。

我正在寻找一个创建文件并编写双打列表的示例。

到目前为止，我已经写了

from ctypes import *
hdf5Lib=r'/usr/local/lib/libhdf5.dylib'
lib=cdll.LoadLibrary(hdf5Lib)
major = c_uint()
minor = c_uint()
release = c_uint()
lib.H5get_libversion(byref(major), byref(minor), byref(release))
H5Fopen=lib.H5Fopen
...

不知道H5Fopen怎么调用。我应该使用 H5Fopen.argtypes 吗？欢迎任何建议是打开 hdf5 文件，创建双精度数据集，写入数据并关闭文件。

Answer 1

您不需要定义 argtypes，因为 H5Fopen 似乎不接受参数。像普通函数一样调用：

herr_t = lib.H5Fopen()

编辑： 对于带有 args 的版本尝试：

lib.H5Fopen.restype = c_int
lib.H5Fopen.argtypes = (c_char_p, c_uint, c_int)
herr_t = lib.H5open(name, flags, fapl_id)

只需为名称传递一个字符串，为其他两个传递整数。

Answer 2

我（还）没有做过任何 Hdf5 编程，但是通过 the documentation，我看到一些事情要告诉你。

您将传递给 H5Fopen 的参数：名称是您要打开的文件名。标志将是 H5F_ACC_RDWR (1) 或 H5F_ACC_RDONLY (0)。这些标志是互斥的；不要或他们在一起。第二个 int 是文件访问属性列表的标识符。对于基本情况，您可以将其设置为 H5P_DEFAULT (0)。

不过，这是文档中的重要内容：

Note that H5Fopen does not create a file if it does not already exist; see H5Fcreate.

根据您的描述，您不想使用 H5Fopen。您想使用 H5Fcreate。

对于 H5Fcreate，这里是签名

hid_t H5Fcreate( const char *name, unsigned flags, hid_t fcpl_id, hid_t fapl_id )

名称是文件名。 fcpl_id 和 fapl_id 都可以是 H5P_DEFAULT，即 0。在这种情况下，您的标志是 H5F_ACC_TRUNC (2) 覆盖现有文件或 H5F_ACC_EXCL (4 ) 在您尝试创建现有文件时导致错误。

我假设您可以找到我列出的常量值，但如果您不知道，您可以像我一样在 http://stainless-steel.github.io/hdf5/hdf5_sys/constant.H5F_ACC_EXCL.html.[=14= 查找它们]

结合@101 关于如何调用函数的示例，这些信息应该足以让您制作初始文件。

Answer 3

我遵循了给出的建议，并编写了一个小的 C 程序来发现不同宏的价值。

#include "hdf5.h"
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int main (void)
{
    printf("H5F_ACC_TRUNC  = %u\n",H5F_ACC_TRUNC);
    printf("H5P_DEFAULT    = %u\n",H5P_DEFAULT);
    printf("H5T_STD_I32LE  = %u\n",H5T_STD_I32LE);
    printf("H5T_STD_I32BE  = %i\n",H5T_STD_I32BE);
    printf("H5T_NATIVE_INT = %u\n",H5T_NATIVE_INT);
    printf("H5S_ALL        = %u\n",H5S_ALL);
    return 0;
}

产生

H5F_ACC_TRUNC  = 2
H5P_DEFAULT    = 0
H5T_STD_I32LE  = 50331712
H5T_STD_I32BE  = 50331713
H5T_NATIVE_INT = 50331660
H5S_ALL        = 0

在 Python 中使用 hdf5 库和 ctypes

Use of hdf5 library in Python with ctypes

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