"Too many indices" R 中的大矩阵向量长度问题

Question

您好，提前致谢。我在 Windows 服务器上使用 Rx64 版本 3.1.2，并从 bigmemory 包生成了一个文件支持的大矩阵，我试图在线性规划问题中使用它。该矩阵为 7062 行乘以 364520 列，共有 2574240240 个条目（整数）。

当我运行线性程序的行时，出现以下错误：

Error in GetElements.bm(x, i, j) : 
  Too many indices (>2^31-1) for extraction.

我读到的那个数字 2147483647 是 R 允许任何对象甚至在 64 位进程上的最大条目数。我读过 here，我可以使用 R 的 'experimental version' 来解决这个问题，但我希望有一个最近可用的解决方案。我在下面有支持输出以确认我的 R 版本：

> version
               _                           
platform       x86_64-w64-mingw32          
arch           x86_64                      
os             mingw32                     
system         x86_64, mingw32             
status                                     
major          3                           
minor          1.2                         
year           2014                        
month          10                          
day            31                          
svn rev        66913                       
language       R                           
version.string R version 3.1.2 (2014-10-31)
nickname       Pumpkin Helmet 

> Sys.getenv("R_ARCH")
[1] "/x64"

Answer 1

你能做的最好的基本上就是分而治之，这意味着分裂你的矩阵，并根据需要做尽可能多的步骤（更多）来达到你的目标。

Answer 2

最好也提供'line for the linear program'但是我的评论太长没法放在上面

@James 是正确的，目前 32 位被硬编码到 bigmemory。在浏览 github 上的源代码后，我看到作者确实删除了约束，您可以通过以下方式下载最新版本：

library(devtools)
install_github("kaneplusplus/bigmemory")

没有那个限制我相信你仍然会有问题。如果我假设正确，您还使用了 complementary 包 bigalgebra。有一种方法可以通过重新安装下载的 tar 球并使用以下命令安装 bigalgebra 来使用 64 位：

REFBLAS=1 R CMD INSTALL bigalgebra_0.8.4.tar.gz

注意 - 目前可用于 64 位的功能非常有限，并且由于当前的解决方法，将比非 64 位版本慢。

我已与原作者联系，我正在更新软件包以利用 RcppArmadillo，这将提供更清晰的界面并处理 64 位问题。目前正在我的 github account.

上对软件包进行分叉

"Too many indices" R 中的大矩阵向量长度问题

"Too many indices" big matrix vector length issue in R

memory

64-bit

r

linear-programming