如何覆盖导入中列出的 R 包中的导出函数

Question

My package 的 DESCRIPTION 文件在其 Imports 指令中有 httr：

Imports:
    httr (>= 1.1.0),
    jsonlite,
    rstudioapi

httr exports an S3method 对于 length.path.

S3method(length,path)

它是 defined as:

#' @export
length.path <- function(x) file.info(x)$size

在我的包中，我有我分配给 class "path" 的对象。每次我将 class "path" 分配给任何对象时，无论我是否曾在该对象上调用 length() ，都会打印到标准输出：

Error in file.info(x) : invalid filename argument

这里有一些每个人都可以重现的代码运行:

> sessionInfo()
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.5 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.1

> thing = 1:5
> class(thing) = 'path'

> requireNamespace('httr')
Loading required namespace: httr

> sessionInfo()
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.5 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] httr_1.2.1  R6_2.1.2    tools_3.3.1

> thing = 1:5
> class(thing) = 'path'
Error in file.info(x) : invalid filename argument

我试过在 try 中捕获它，但这不起作用：

set_class = function(obj, c) {
  class(obj) = c
  return(obj)
}

thing = 1:5
thing = try(set_class(thing, 'path'), silent=TRUE)

产量：

Error in file.info(x) : invalid filename argument

我已经尝试 assignInNamespace 覆盖函数：

base_length = function(obj) {
  return(base::length(obj))
}

assignInNamespace('length.path', base_length, 'httr')
thing = 1:5
class(thing) = 'path'

但我得到 Error: evaluation nested too deeply: infinite recursion / options(expressions=)?

当我在我的包中使用 httr 函数时，我将它们与 httr::function 一起使用，所以我不确定这个 length.path 函数是如何泄漏到我的命名空间并覆盖基本长度的功能。我还尝试对我使用的每个函数显式 @importFrom httr function 而不是使用 httr::function 但这也不起作用。

我也发现了这个：

https://support.bioconductor.org/p/79059/

但解决方案似乎是编辑 httr 的源代码，我不能这样做，因为我的包导入了它。我该如何解决这个问题？

Answer 1

一种可能是在您自己的包中创建一个函数 length.path()。如果你的 path-objects 的基类型与 base::length() 兼容，你可以取消它的类以避免无限递归：

length.path <- function(x) length(unclass(x))

但是，与直接调用 base::length() 相比，这可能会比较慢，因为它会复制对象并需要两次方法分派。

Answer 2

我的解决方案是添加一个 .onLoad 函数。感谢的 unclass 想法。

#' @importFrom utils assignInNamespace
.onLoad = function(libname, pkgname) {
  length.path = function(obj) {
    return(length(unclass(obj)))
  }

  assignInNamespace('length.path', length.path, 'httr')
}

它在 R CMD check --as-cran 中引发了 NOTE，但我希望能够摆脱它。

如何覆盖导入中列出的 R 包中的导出函数

How to override exported function from R package listed in Imports

namespaces

r

httr

r-package