R 中 igraph 中的边缘条件

Question

我正在研究 igraph，试图对取自 KEGG xml 的图表进行可视化。我已经检索了图形的邻接矩阵和边 list.Now 我的边有一些条件，例如我有抑制、激活和绑定关联（未加权）。现在我想对边缘进行不同的着色，并且我还希望每种情况下的边缘形状都不同。例如，带有箭头和绿色的边缘用于激活。边缘后有一条垂直线，红色表示抑制。也许是绑定关联的虚线。

我的名为 reactions 的边缘列表看起来像这样

    > entry1    entry2  name 

    > 59         62     activation
    > 62         57     Inhibition
    > 61         60     binding association
    > 53         42     activation

我的节点是有向邻接矩阵的形式。

  plot(G,vertex.shape= "rectangle", edge.arrow.size=.3, edge.color=ifelse(reactions$name =="activation", "green", "red"),vertex.color="gold", vertex.size2=1,vertex.frame.color="gray", vertex.label.color="black", vertex.label.cex=1, vertex.label.dist=0.5, edge.curved=0.2)

我只是想先检查代码是否适用于激活，然后我处理其他情况，但我的所有边缘都是绿色的，而不仅仅是激活边缘。

有人可以帮我解决这个问题吗？我尝试将 edge.color 与 ifelse 一起使用，但我真的不知道如何使用它。

Answer 1

与其在数据框中根据您的条件引用变量，不如尝试在图表本身中引用数据。我可以在这里重新创建您的图表：

library(igraph)

d <- data.frame(ego=c('59', '62', '61', '53'), alter=c('62', '57', '60', '42'), status=c("activation","Inhibition","binding association","activation"))

G <- graph_from_data_frame(d)

让我们看看图表包含的内容：

str(G)

(e/c) 告诉我们 status 是边缘的特征，正是我们想要调节边缘的颜色或形状。

plot(G)

plot(G, vertex.shape= "rectangle", edge.arrow.size=.3, edge.color=ifelse(E(G)$status =="activation", "green", "red"), vertex.color="gold", vertex.size2=1, vertex.frame.color="gray", vertex.label.color="black", vertex.label.cex=1, vertex.label.dist=0.5, edge.curved=0.2)

R 中 igraph 中的边缘条件

Edge conditions in igraph in R

r

graph

igraph