根据bp坐标提取一部分fasta序列

Question

我有一个巨大的 fasta 文件，但我只需要提取其中的一部分，如果我知道我的序列的起始和结束碱基对坐标。另外，它应该是 fasta 格式，每个长度为 60 bp line.This 是我的尝试，如果看起来不错请告诉我，欢迎提出任何改进建议。

from Bio import SeqIO

inFile = open('full_chr.fa','r')
fw=open("part.fa",'w')
line_width = 60
for record in SeqIO.parse(inFile,'fasta'):
    fw.write(">" + record.id + "\n")
    fww = (str(record.seq[600130000:602000000]) + '\n')
    for i in xrange(0,len(fww),line_width):
        fw.write(str(fww[i:i+line_width]) + '\n')
fw.close()

Answer 1

就这么简单：

from Bio import SeqIO


record = SeqIO.read("Chromosome.fas", "fasta")

with open("output.fas", "w") as out:
    SeqIO.write(record[100:500], out, "fasta")

SeqIO.write 已经使用了 60 个字符长度的换行。如果您想操纵换行，请使用 FastaWriter 对象。这是 80 bp 行的示例：

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqIO.FastaIO import FastaWriter


record = SeqIO.read("Chromosome.fas", "fasta")

with open("output.fas", "w") as out:
    writer = FastaWriter(out, wrap=80)
    writer.write_header()
    writer.write_record(record[100:500])
    writer.write_footer()

根据bp坐标提取一部分fasta序列

Extract a part of fasta sequence based on bp coordinates

python

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