在 Shiny 的结果选项卡中显示结果

Question

如何在 Shiny 的 mainPanel 的结果选项卡上输出函数的结果（比如 caret 包中的 confusionMatrix）？

这是我在 server.R 中的内容：

  #Create Confusion Matrix of Predictions
  ref = matrix(c("P", "N", "P", "P", "P", "P","N"), ncol=1)
  pred = matrix(c("P", "N", "N", "P", "P", "P","P"), ncol=1)
  output$confusionMat <- renderPrint({
    confusionMatrix(ref,pred)
  })

这是我在 ui.R 中的内容：

 mainPanel(width = 4,
      tabsetPanel(
        #tabPanel("Plot", plotOutput("plot")),
        tabPanel("Result", selectInput("featureEx", "Feature Exploration",
                                       c("ABC", "AB", "AC", "A"), multiple = TRUE),
                          helpText("Prediction Results Using Testing data"),
                          dataTableOutput("confusionMat"),
                          capture.output("confusionMat"),
                          plotOutput("fePlot")
                         ),

当我在 RStudio 中输入函数时，我得到的结果是：

> confusionMatrix(ref,pred)
Confusion Matrix and Statistics

          Reference
Prediction N P
         N 1 1
         P 1 4

               Accuracy : 0.7143          
                 95% CI : (0.2904, 0.9633)
    No Information Rate : 0.7143          
    P-Value [Acc > NIR] : 0.6792          

                  Kappa : 0.3             
 Mcnemar's Test P-Value : 1.0000          

            Sensitivity : 0.5000          
            Specificity : 0.8000          
         Pos Pred Value : 0.5000          
         Neg Pred Value : 0.8000          
             Prevalence : 0.2857          
         Detection Rate : 0.1429          
   Detection Prevalence : 0.2857          
      Balanced Accuracy : 0.6500          

       'Positive' Class : N

所以我想在闪亮的格式良好的矩阵中显示混淆 table，我希望能够使用不显示任何内容的 outputTable 来做到这一点，并将纯文本显示为在结果选项卡中。当前主面板中没有显示任何内容。有什么解决办法吗？

Answer 1

capture.output，来自基础包，再加上 PerformanceAnalytics 包中的 textplot，您可能会对这种情况感兴趣。

capture.output 允许您以文本格式分别从 confusionMatrix 的输出中提取每个元素。请注意，您可以根据需要重新安排 capture.output 的输出，但在这个特定示例中，我不会修改输出。然后你必须将 capture.output 的输出传递给 textplot 以便能够在 Shiny 中将输出渲染为绘图。

在您上面提供的示例中，我将使用 renderPlot 代替 renderPrint 并利用上述两个函数，如下所示：

require(PerformanceAnalytics)
output$confusionMat <- renderPlot({   #Replaced renderPrint with renderPlot
    textplot(      #wrap textplot around capture.output
        capture.output(     #capture output of confusionMatrix in text format
            confusionMatrix(ref,pred)  #your original code here
        )      #close capture.output
    )    #close textplot

}) #close renderPlot

但如果你真的想使用 renderDataTable，你需要确保将数据帧传递给 renderDataTable。

这是一个使用不同数据集的完全可重现的示例。如果你运行下面的代码，结果会很难看，那是因为我没有花时间按照我的喜好重新安排 capture.output 的输出。如果你想使用 renderDataTable 你需要花一些时间来改变传递给 renderDataTable:

的数据帧的布局

require(shiny)
require(caret)
require(PerformanceAnalytics)

server <- function(input,output,session){
    output$confusionMat <- renderDataTable({
        data.frame(
            capture.output(
                confusionMatrix(iris$Species, sample(iris$Species))
            )
        )

    })

}

ui <- shinyUI(fluidPage(

    sidebarLayout(
        sidebarPanel(

        ),

        mainPanel(
            dataTableOutput('confusionMat')
        )      

    )
))

shinyApp(ui = ui, server = server)

Answer 2

我使用了verbatimTextOutput("confusionmatrix")，它在主面板中显示了结果。

在 Shiny 的结果选项卡中显示结果

Showing the results in the result tab of Shiny

r

confusion-matrix

shiny