Rscript 不适用于 AWS Lambda 的打包 R

Question

我正在尝试使用打包的 R 二进制文件和库（无需安装）在 AWS EC2 实例的命令行上运行 R 脚本——重点是测试脚本以部署到 AWS拉姆达。我关注了these instructions。这些说明用于将所有 R 二进制文件和库打包到一个 zip 文件中，并将所有内容移动到 Amazon EC2 实例以进行测试。我在新机器上解压了所有东西，运行 'sudo yum update' 在机器上，并设置 R 的环境变量指向正确的位置：

export R_HOME=$HOME
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib

注意：$HOME 等于 /home/ec2-user。

我创建了这个 hello_world.R 文件来测试：

#!/home/ec2-user/bin/Rscript
print ("Hello World!")

但是当我运行这个：

ec2-user$ Rscript hello_world.R

我收到以下错误：

Rscript execution error: No such file or directory

所以我检查了路径，但一切都检查出来了：

ec2-user$ whereis Rscript
  Rscript: /home/ec2-user/bin/Rscript

ec2-user$ whereis R
  R: /home/ec2-user/bin/R /home/ec2-user/R

但是当我尝试在命令行中使用 Rscript 计算表达式时，我得到了这个：

ec2-user$ Rscript -e "" --verbose
  running
    '/usr/lib64/R/bin/R --slave --no-restore -e '

  Rscript execution error: No such file or directory

Rscript 似乎仍在默认位置“/usr/lib64/R/bin/R”中寻找 R，即使我的 R_HOME 变量设置为“/home/ec2-user”：

ec2-user$ echo $R_HOME
  /home/ec2-user

我找到了一些支持，但找不到任何解决我的具体问题的方法。有人建议重新安装 R，但我的理解是，为了 Lambda 的目的，一切都需要自包含，所以我在一个单独的 EC2 实例上安装了 R，然后将其打包。我应该提一下，在安装了包管理器的 R 的机器上，一切运行都很好。

解决方案：在答案中发布我的。

Answer 1

它认为它正盯着你看：

ec2-user$ whereis R
  R: /home/ec2-user/bin/R /home/ec2-user/R

是你放置 R 的地方——但是它是为/期望这个而构建的：

ec2-user$ Rscript -e "" --verbose
  running
    '/usr/lib64/R/bin/R --slave --no-restore -e '

这些路径不一样。真正的错误可能是您假设您可以将 构建和配置的 R 安装 重新定位到不同的目录 。你不能。

您可以为新的（已知）路径构建 R 并安装它。在 configured-for 和 installed-at 路径相同的系统上，一切都很好：

$ Rscript -e "q()" --verbose
running
  '/usr/lib/R/bin/R --slave --no-restore -e q()'

$

Answer 2

This blog post walks through a similar problem and offers a potential solution. I also had to implement part of the solution from this post.

我把 R 源代码的第一行改成了：

#!/bin/sh
# Shell wrapper for R executable.

R_HOME_DIR=${R_ROOT_DIR}/lib64${R_ROOT_DIR}

为此：

R_HOME_DIR=${RHOME}/lib64${R_ROOT_DIR}

我会在下面解释原因。

注意 -- 其余代码为：

if test "${R_HOME_DIR}" = "${R_ROOT_DIR}/lib64${R_ROOT_DIR}"; then
   case "linux-gnu" in
   linux*)
     run_arch=`uname -m`
     case "$run_arch" in
        x86_64|mips64|ppc64|powerpc64|sparc64|s390x)
          libnn=lib64
          libnn_fallback=lib
        ;;
        *)
          libnn=lib
          libnn_fallback=lib64
        ;;
     esac
     if [ -x "${R_ROOT_DIR}/${libnn}${R_ROOT_DIR}/bin/exec${R_ROOT_DIR}" ]; then
        R_HOME_DIR="${R_ROOT_DIR}/${libnn}${R_ROOT_DIR}"
     elif [ -x "${R_ROOT_DIR}/${libnn_fallback}${R_ROOT_DIR}/bin/exec${R_ROOT_DIR}" ]; then
        R_HOME_DIR="${R_ROOT_DIR}/${libnn_fallback}${R_ROOT_DIR}"
     ## else -- leave alone (might be a sub-arch)
     fi
     ;;
  esac
fi

if test -n "${R_HOME}" && \
   test "${R_HOME}" != "${R_HOME_DIR}"; then
  echo "WARNING: ignoring environment value of R_HOME"
fi
R_HOME="${R_HOME_DIR}"
export R_HOME

你可以在底部看到，代码将 R_HOME 设置为 R_HOME_DIR，它最初是根据 R_ROOT_DIR.

分配的

无论您将 R_HOME_DIR 或 R_HOME 变量设置为什么，R 都会使用 R_ROOT_DIR 变量重置所有内容。

随着更改，我可以设置我所有的环境变量：

export RHOME=$PWD/R  #/home/ec2-user/R
export R_HOME=$PWD/R #/home/ec2-user/R
export R_ROOT_DIR=/R #/R

我将 RHOME 设置为 R 包所在的工作目录。 RHOME 基本上充当前缀，在我的例子中，它是 /home/ec2-user/.

此外，Rscript 将 /R/bin 附加到任何 RHOME，所以现在我可以正确运行...

Rscript hello_world.R

...在命令行上。 Rscript 知道在哪里可以找到 R，它知道在哪里可以找到它的所有内容。

我觉得将 R 打包到运行到一个便携的独立文件夹中，而不使用 Docker 或其他东西，应该比这更容易，所以如果有人有更好的方法这个，我真的很感激。

Answer 3

另一种更快速的方法：创建相同的文件夹 /usr/lib/R/bin/ 然后把R放到这个文件夹里。

Rscript 不适用于 AWS Lambda 的打包 R

Rscript not working with packaged R for AWS Lambda

r

rscript

aws-lambda