scipy.spatial 尝试 运行 kdtree 时出现 ValueError
scipy.spatial ValueError when trying to run kdtree
背景： 我正在尝试 运行 最近的邻居，在具有 201 条记录的 shapefile 上使用 cKDtree 函数 lat/lons针对 8760 小时（一年的总小时数）的时间序列数据集。我收到一个错误，自然我查了一下。我发现了这个：scipy.spatial ValueError: "x must consist of vectors of length %d but has shape %s" 这是同样的错误，但我无法理解这个错误是如何解决的。
工作流程： 我从 shapefile 中提取了 x 和 y 坐标，并将它们存储在名为 x_vector 和 y_vector 的单独数组中。 8760数据是一个hdf5文件。我使用 h5_coords = np.vstack([meta['latitude'], meta['longitude']]).T 提取坐标。
现在我尝试运行 kdtree，
# Run the kdtree to match nearest values
tree = cKDTree(np.vstack([x_vector, y_vector]))
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]
但它会导致同样的回溯错误。
回溯错误：
Traceback (most recent call last):
File "meera_extract.py", line 45, in <module>
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]
File "scipy/spatial/ckdtree.pyx", line 618, in scipy.spatial.ckdtree.cKDTree.query (scipy/spatial/ckdtree.cxx:6996)
ValueError: x must consist of vectors of length 201 but has shape (1, 389880)
帮帮我，Whosebug。你是我唯一的希望。
所以看来我需要阅读 vstack 和 column_stack 的区别以及 t运行spose 的用法，即 .T。如果有人遇到同样的问题，这里是我为使 cKDtree 工作所做的更改。如果其他人遇到此问题，希望它会有所帮助。非常感谢社区的评论帮助解决这个问题！
我将 hdf5 坐标的引入方式从 vstack 更改为 column_stack 并删除了 t运行spose .T.
# Get coordinates of HDF5 file
h5_coords = np.column_stack([meta['latitude'], meta['longitude']])
我没有尝试在树中添加点，而是创建了一个新变量来保存它们：
# combine x and y
vector_pnts = np.column_stack([x_vector, y_vector])
然后我运行kdtree没有任何错误。
# Run the kdtree to match nearest values
tree = cKDTree(vector_pnts)
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]
背景： 我正在尝试 运行 最近的邻居，在具有 201 条记录的 shapefile 上使用 cKDtree 函数 lat/lons针对 8760 小时（一年的总小时数）的时间序列数据集。我收到一个错误，自然我查了一下。我发现了这个：scipy.spatial ValueError: "x must consist of vectors of length %d but has shape %s" 这是同样的错误，但我无法理解这个错误是如何解决的。
工作流程： 我从 shapefile 中提取了 x 和 y 坐标，并将它们存储在名为 x_vector 和 y_vector 的单独数组中。 8760数据是一个hdf5文件。我使用 h5_coords = np.vstack([meta['latitude'], meta['longitude']]).T 提取坐标。
现在我尝试运行 kdtree，
# Run the kdtree to match nearest values
tree = cKDTree(np.vstack([x_vector, y_vector]))
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]
但它会导致同样的回溯错误。
回溯错误：
Traceback (most recent call last):
File "meera_extract.py", line 45, in <module>
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]
File "scipy/spatial/ckdtree.pyx", line 618, in scipy.spatial.ckdtree.cKDTree.query (scipy/spatial/ckdtree.cxx:6996)
ValueError: x must consist of vectors of length 201 but has shape (1, 389880)
帮帮我，Whosebug。你是我唯一的希望。
所以看来我需要阅读 vstack 和 column_stack 的区别以及 t运行spose 的用法，即 .T。如果有人遇到同样的问题，这里是我为使 cKDtree 工作所做的更改。如果其他人遇到此问题，希望它会有所帮助。非常感谢社区的评论帮助解决这个问题！
我将 hdf5 坐标的引入方式从 vstack 更改为 column_stack 并删除了 t运行spose .T.
# Get coordinates of HDF5 file
h5_coords = np.column_stack([meta['latitude'], meta['longitude']])
我没有尝试在树中添加点，而是创建了一个新变量来保存它们：
# combine x and y
vector_pnts = np.column_stack([x_vector, y_vector])
然后我运行kdtree没有任何错误。
# Run the kdtree to match nearest values
tree = cKDTree(vector_pnts)
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]