igraph：解决紧密重叠的节点
igraph: Resolving tight overlapping nodes
我有一个包含数百个节点和边的图。断开连接的子图分离出来并解析得很好，但子图中的节点重叠并且解析不好。我尝试了几种布局算法，也尝试过更改布局算法中的相关参数（例如：iter、kkconst、start.temp 等）。但是，我仍然无法分散紧密集群的节点。见下图
我希望找到一些参数来控制 attraction/repulsion/gravity 等，但似乎有 none。 question 中 bdemarest 的答案和数字似乎确实解决了这个问题。奇怪的是，新版本的 igraph 中弃用了几个看似有用的参数（coolexp、maxdelta、area、repulserad 等）。
有谁知道一种方法可以使子图很好地分开，同时充分分散靠近的节点以使它们不重叠？
我设法使用包 qgraph 使其工作。
这是一个工作示例：
library(igraph)
#>
#> Attaching package: 'igraph'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#>
#> decompose, spectrum
#> The following object is masked from 'package:base':
#>
#> union
library(qgraph)
g <- barabasi.game(355, directed=FALSE)
png("plot1.png", height=6, width=12, units="in", res=250)
par(mfrow=c(1, 3))
plot(g,layout=layout_with_fr,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("layout_with_fr", side=1)
e <- get.edgelist(g,names=FALSE)
l <- qgraph.layout.fruchtermanreingold(e,vcount=vcount(g))
plot(g,layout=l,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("qgraph.layout.fruchtermanreingold default", side=1)
l <- qgraph.layout.fruchtermanreingold(e,vcount=vcount(g),
area=8*(vcount(g)^2),repulse.rad=(vcount(g)^3.1))
plot(g,layout=l,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("qgraph.layout.fruchtermanreingold modified", side=1)
dev.off()
由 reprex package (v2.0.1)
于 2022-04-25 创建
会话信息
sessioninfo::session_info()
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#>
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#>
#> [1] /home/user/miniconda3/envs/r-4.1/lib/R/library
#>
#> ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
我有一个包含数百个节点和边的图。断开连接的子图分离出来并解析得很好，但子图中的节点重叠并且解析不好。我尝试了几种布局算法，也尝试过更改布局算法中的相关参数（例如：iter、kkconst、start.temp 等）。但是，我仍然无法分散紧密集群的节点。见下图
我希望找到一些参数来控制 attraction/repulsion/gravity 等，但似乎有 none。 question 中 bdemarest 的答案和数字似乎确实解决了这个问题。奇怪的是，新版本的 igraph 中弃用了几个看似有用的参数（coolexp、maxdelta、area、repulserad 等）。
有谁知道一种方法可以使子图很好地分开，同时充分分散靠近的节点以使它们不重叠？
我设法使用包 qgraph 使其工作。
这是一个工作示例：
library(igraph)
#>
#> Attaching package: 'igraph'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#>
#> decompose, spectrum
#> The following object is masked from 'package:base':
#>
#> union
library(qgraph)
g <- barabasi.game(355, directed=FALSE)
png("plot1.png", height=6, width=12, units="in", res=250)
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mtext("qgraph.layout.fruchtermanreingold default", side=1)
l <- qgraph.layout.fruchtermanreingold(e,vcount=vcount(g),
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plot(g,layout=l,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("qgraph.layout.fruchtermanreingold modified", side=1)
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由 reprex package (v2.0.1)
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#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
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#> abind 1.4-5 2016-07-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> yaml 2.3.5 2022-02-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> [1] /home/user/miniconda3/envs/r-4.1/lib/R/library
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