"interp"对于离散点得到heatmap/contourR

Question

我有一个位置，我在其中从模拟生成数据，然后想绘图（热图 map/contour/3d 绘图等）；但是，对于这些，需要使用 interp 等函数对数据进行插值。这是示例 dataset.

这是我试过的一段代码...

library(akima)
library(GA) # for persp3D; there exists another package for same function "fields"

data <- read.table(commandArgs()[3], header=T,sep="\t")
data <- na.omit(data)

qmax = max(data$q)
kmax = max(data$k)

x <- data$k_bike/kmax
y <- data$k_car/kmax
z <- data$q/qmax

matrix = interp(x,y,z)

persp3D(matrix ,nlevels=30, asp=1, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), color.palette=colorRampPalette(c("green3","yellow", "red"),space = "rgb") )

所以结果是——

现在，由于插值，有很多点有 red/orange 颜色而不是绿色左右 。例如，如果我使用 levelplot of lattice

levelplot(z~x*y, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), col.regions=colorRampPalette(c("green3","yellow", "red"),space = "rgb") )

结果是--

现在，可以清楚地看到很少有数据点具有零（或几乎为零）z值。现在，问题是，使用 levelplot，我得到了人工制品（缺少数据点的白色），我希望有更好的插值。还有其他功能可以执行此操作吗？

我也试过等高线图如下：

  scale <- (qmax+10) / qmax * c(0.000, 0.01, 0.05, 0.10, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0)
filled.contour(matrix, nlevels=30, asp=1, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), levels=scale,color.palette=colorRampPalette(c("green3","yellow", "red"),space = "rgb") )

结果又是（有点错误的颜色指示）。

In short -- I would like to have contour plot or 3d plot but with a clear (or correct) color indication of zero (about zero) zvalue data points similar to level plot.

Answer 1

我用 deldir 和 rgl 包解决了你的问题（它们允许绘制由不规则点集合定义的表面）。

library(deldir); library(rgl)

# Below two lines require time depending on the　machine power, be careful
dxyz <- deldir(x, y, z = z)      # do Delaunay triangulation
mxyz <- as.mesh3d(dxyz)          # convert it to triangle.mesh3d.obj

bgyr <- colorRampPalette(c("blue", "green", "yellow", "red"))    # colour func

# use z values for colouring
plot3d(mxyz, col=bgyr(256)[cut(mxyz$vb[3,], 256)][mxyz$it], type="shade")
light3d()          # if you want vivit colours

# another approach
# you can solve it by just increasing interp()'s arguments, nx and ny.

library(akima); library(lattice); library(dplyr)

df <- interp(x,y,z, nx=150, ny=150) %>% interp2xyz() %>% data.frame()
levelplot(z ~ x * y, df, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), 
          col.regions = colorRampPalette(c("green3", "yellow",  "red"), space = "rgb"))

"interp"对于离散点得到heatmap/contourR

"interp" for discrete points to get heatmap/contour R

interpolation

r

contour

heatmap

lattice