读取 csv 文件时出错

Question

我在读取 csv 文件时遇到错误。该行的前几行如下所示：

"","1.CEL","2.CEL","3.CEL","4.CEL"
"1_s_at",NA,NA,NA,NA
"2_at",NA,NA,NA,NA
"3_at",NA,NA,NA,NA
"4_at",NA,NA,NA,NA
"5_g_at",NA,NA,NA,NA
"6_at",NA,NA,NA,NA
"7_at",NA,NA,NA,NA

阅读 csv.file

test <- read.csv(file='/home/userxyz/test.csv')
head(test)
#       X X1.CEL X2.CEL X3.CEL X4.CEL
#1 1_s_at     NA     NA     NA     NA
#2   2_at     NA     NA     NA     NA
#3   3_at     NA     NA     NA     NA
#4   4_at     NA     NA     NA     NA
#5 5_g_at     NA     NA     NA     NA
#6   6_at     NA     NA     NA     NA

明确指定 header 的存在。

test <- read.csv(file='/home/userxyz/test.file', header=T)
head(test)
#           X X1.CEL X2.CEL X3.CEL X4.CEL
#1 1_s_at     NA     NA     NA     NA
#2   2_at     NA     NA     NA     NA
#3   3_at     NA     NA     NA     NA
#4   4_at     NA     NA     NA     NA
#5 5_g_at     NA     NA     NA     NA
#6   6_at     NA     NA     NA     NA

虽然明确指定了 row.names，但没有成功。

test <- read.csv(file='/home/userxyz/test.file', row.names=T)
#Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
#  invalid 'row.names' specification

read.table、read.delim 函数也已查看。

是否因为row.names中的特殊字符错误？

Answer 1

我认为您正在尝试将第一列读作行名。尝试：

x <- '"","1.CEL","2.CEL","3.CEL","4.CEL"
"1_s_at",NA,NA,NA,NA
"2_at",NA,NA,NA,NA
"3_at",NA,NA,NA,NA
"4_at",NA,NA,NA,NA
"5_g_at",NA,NA,NA,NA
"6_at",NA,NA,NA,NA
"7_at",NA,NA,NA,NA'

read.csv(text = x, row.names = 1L)

#       X1.CEL X2.CEL X3.CEL X4.CEL
#1_s_at     NA     NA     NA     NA
#2_at       NA     NA     NA     NA
#3_at       NA     NA     NA     NA
#4_at       NA     NA     NA     NA
#5_g_at     NA     NA     NA     NA
#6_at       NA     NA     NA     NA
#7_at       NA     NA     NA     NA

如果你想完全保留header，做

read.csv(text = x, row.names = 1L, check.names = FALSE)

#       1.CEL 2.CEL 3.CEL 4.CEL
#1_s_at    NA    NA    NA    NA
#2_at      NA    NA    NA    NA
#3_at      NA    NA    NA    NA
#4_at      NA    NA    NA    NA
#5_g_at    NA    NA    NA    NA
#6_at      NA    NA    NA    NA
#7_at      NA    NA    NA    NA

关于row.name，阅读?read.csv：

row.names: a vector of row names.  This can be a vector giving the
           actual row names, or a single number giving the column of the
           table which contains the row names, or character string
           giving the name of the table column containing the row names.

读取 csv 文件时出错

error in reading a csv file

csv

r

read.csv