为 Renjin 自动移植 R 库

Question

我有一些本地 R 库，我想将它们包含在我的 renjin Java 应用程序中。有些库完全用 R 编写，有些库有 C++ 依赖项，有些库有 S4 类。理想情况下，我不想维护每个库的两个副本。

我想知道是否有任何自动化的方法来获取本地 R 库（或其源代码）并生成 Renjin 兼容版本？

Answer 1

packages.renjin.org 中列出的所有 CRAN 和 Bioconductor 包都被编译为 Java 字节码（包括 C、C++ 和 Fortran 源代码）并通过全自动构建系统从原始源代码打包到 JAR 中.

Renjin 文档包括 instructions 为 Renjin 创建包，但是对于只有 R 代码的包，与 GNU R 包的区别只是建议的（因此是可选的）目录布局。

要构建您自己的遵循 GNU R 目录结构约定的 R 包，您必须仅添加一个 Maven POM 文件，其中包含有关 R 源文件位置的信息。例如（注意包名和版本的占位符）：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd" xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0"
    xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
  <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
  <groupId>org.renjin.cran</groupId>
  <artifactId>YOUR PACKAGE NAME HERE</artifactId>
  <version>YOUR PACKAGE VERSION HERE</version>
  <distributionManagement>
    <repository>
      <id>renjin-packages</id>
      <name>Renjin CI Repository</name>
      <url>http://nexus.bedatadriven.com/content/repositories/renjin-packages</url>
    </repository>
  </distributionManagement>
  <dependencies>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>methods</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>datasets</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>stats</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>grDevices</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>stats4</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>tools</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>utils</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>graphics</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>compiler</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
      <scope>provided</scope>
    </dependency>
  </dependencies>
  <repositories>
    <repository>
      <id>bedatadriven-public</id>
      <url>http://nexus.bedatadriven.com/content/groups/public/</url>
    </repository>
  </repositories>
  <pluginRepositories>
    <pluginRepository>
      <id>bedatadriven-public</id>
      <url>http://nexus.bedatadriven.com/content/groups/public/</url>
    </pluginRepository>
  </pluginRepositories>
  <build>
    <plugins>
      <plugin>
        <groupId>org.renjin</groupId>
        <artifactId>renjin-maven-plugin</artifactId>
        <version>0.8.2201</version>
        <executions>
          <execution>
            <id>renjin-compile</id>
            <phase>process-classes</phase>
            <goals>
              <goal>namespace-compile</goal>
            </goals>
            <configuration>
              <sourceDirectory>${basedir}/R</sourceDirectory>
              <dataDirectory>${basedir}/data</dataDirectory>
              <defaultPackages>
                <package>methods</package>
                <package>stats</package>
                <package>utils</package>
                <package>grDevices</package>
                <package>graphics</package>
                <package>datasets</package>
              </defaultPackages>
            </configuration>
          </execution>
          <execution>
            <id>renjin-test</id>
            <phase>test</phase>
            <goals>
              <goal>test</goal>
            </goals>
            <configuration>
              <timeoutInSeconds>30</timeoutInSeconds>
              <testSourceDirectory>${basedir}/tests</testSourceDirectory>
              <defaultPackages>
                <package>methods</package>
                <package>stats</package>
                <package>utils</package>
                <package>grDevices</package>
                <package>graphics</package>
                <package>datasets</package>
              </defaultPackages>
            </configuration>
          </execution>
          <execution>
            <id>gnur-compile</id>
            <phase>compile</phase>
            <goals>
              <goal>make-gnur-sources</goal>
            </goals>
          </execution>
        </executions>
      </plugin>
    </plugins>
  </build>
</project>

将这个 POM 文件放在包的根目录下，然后mvn package创建一个 JAR 文件。

如果您需要更多的自动化，那么您将不得不使用某种构建系统自行完成。如果您的包需要它们，请不要忘记将依赖项添加到 POM（提示：从 packages.renjin.org 复制 POM 片段）。

为 Renjin 自动移植 R 库

Automated porting of R library for Renjin

r

s4

renjin