在 R 中制作具有指定误差条值的堆积条形图

Question

我正在尝试在 R 中制作一个堆叠条形图，其中包含我想要预定义的值的误差条，而不是计算，但每个条都有不同的值。

例如，如果我的数据框是：

x<-data.frame(
  Period = c("B1","D1a"),
  Sample = c("Glucose","Glucose"),
  Mi = c(2,3),
  M0 = c(4,6)
)

我可以用这段代码制作我需要的条形图：

mx <- melt(x,  id.vars=1:2)
ggplot(mx, aes(x=Period, y=value, fill=variable), xLabels=NA) +
  geom_bar(stat="identity") +
  facet_grid(~Sample) +
  scale_fill_manual(values = c("grey69","black")) +
  theme_bw() +
  xlab("") + 
  ylab ("")

如果我对每个的置信区间为 B1、Mi = 0.5、B1、M0 = 0.2、D1a、Mi = 0.1、D1a、M0 = 0.2，我该如何为每个添加误差条

如何在条形图的每个部分制作误差线？

谢谢

Answer 1

首先，将上限和下限添加到您的 mx 数据框：

library(dplyr)
mx <- mx %>% group_by(Period) %>%
  mutate(pos = cumsum(value)) %>%
  ungroup() %>%
  mutate(ci = c(.5, .1, .2, .2),
         upper = pos + ci/2,
         lower = pos - ci/2)

然后，将 geom_errorbar 添加到您的绘图中：

ggplot(mx, aes(x=Period, y=value, fill=variable), xLabels=NA) +
  geom_bar(stat="identity") +
  geom_errorbar(aes(ymin = lower, ymax = upper), width = .2, col = "red") +
  facet_grid(~Sample) +
  scale_fill_manual(values = c("grey69","black")) +
  theme_bw() +
  xlab("") + 
  ylab ("")

在 R 中制作具有指定误差条值的堆积条形图

Making stacked bar plot with specified error bar values in R

r

bar-chart

ggplot2

stacked-chart

errorbar