x轴如何同时显示染色体位置和SNP标签
How to show chromosome position and SNP label at the same time in x axis
我正在尝试绘制一定数量的 SNP，并在 x 轴上同时显示染色体位置和它们的标签。
我已将床文件中的 SNP 信息导入到 GRanges 对象中。
我的床档是这样的：
chr17 78191000 78191000 rsAAA 1 +
chr17 78191900 78191900 rsBBB 1 +
chr17 78194002 78194002 rsCCC 1 +
chr17 78197170 78197170 rsDDD 1 +
我用来将床文件转换为 GRanges 对象的函数是来自该网站的函数：http://davetang.org/muse/2015/02/04/bed-granges/
bed_to_granges <- function(file){
df <- read.table(file,
header=F,
stringsAsFactors=F)
if(length(df) > 6){
df <- df[,-c(7:length(df))]
}
if(length(df)<3){
stop("File has less than 3 columns")
}
header <- c('chr','start','end','id','score','strand')
names(df) <- header[1:length(names(df))]
if('strand' %in% colnames(df)){
df$strand <- gsub(pattern="[^+-]+", replacement = '*', x = df$strand)
}
library("GenomicRanges")
if(length(df)==3){
gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end)))
} else if (length(df)==4){
gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id))
} else if (length(df)==5){
gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id, score=as.character(score)))
} else if (length(df)==6){
gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id, score=as.character(score), strand=strand))
}
return(gr)
}
导入床文件并根据人类 hg19 构建重新格式化的代码如下：
library(ggbio)
data(hg19Ideogram, package = "biovizBase")
setwd(".../Test")
## Import bed file as GRanges file
SNP <- bed_to_granges("SNP_position.bed")
seqlengths(SNP) <- seqlengths(hg19Ideogram)[names(seqlengths(SNP))]
SNP_dn <- keepSeqlevels(SNP, paste0("chr", c(1:22, "X", "Y")))
我尝试通过以下方式绘制 SNP：
SNP_location <- autoplot(SNP_dn) +
theme(text = element_text(size=8),
axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1)) +
theme(legend.position="none") +
xlim(78190000,78200000) +
scale_x_sequnit("Mb")
fixed(SNP_location) <- TRUE
SNP_location
此代码 returns x 轴为染色体位置且 SNP 位于正确位置的图。
SNP_IDs <- autoplot(SNP_dn) +
scale_x_continuous(name = "\nSNP IDs",
breaks = as.vector(start(SNP_dn)),
labels = as.factor (SNP_dn$id)) +
theme(text = element_text(size=8),
axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1)) +
theme(legend.position="none") +
xlim(78190000,78200000)
fixed(SNP_IDs) <- TRUE
SNP_IDs
此代码 returns 重新缩放的 x 轴，其中 x 轴刻度对应于 SNP 本身的位置和标签，但我丢失了染色体参考。
我想要一个像第一个一样的图，其中 x 轴根据染色体位置缩放，第二行位于同一图中包含 SNP 名称的任何地方。
之后我想将此图与显示来自同一区域的其他特征的其他图与 ggbio tracks 函数结合起来，为了做到这一点，它们需要具有相同的染色体限制。
有没有一种简单的方法来标记 SNP，在染色体尺度上保持原始 x 轴？
非常感谢，
最佳，
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] grid stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets methods
[10] base
other attached packages:
[1] Homo.sapiens_1.3.1 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2
[3] org.Hs.eg.db_3.3.0 GO.db_3.3.0
[5] OrganismDbi_1.14.1 GenomicFeatures_1.24.5
[7] AnnotationDbi_1.34.4 Biobase_2.32.0
[9] GenomicRanges_1.24.2 GenomeInfoDb_1.8.3
[11] IRanges_2.6.1 S4Vectors_0.10.3
[13] biovizBase_1.20.0 ggbio_1.20.2
[15] ggplot2_2.1.0 BiocGenerics_0.18.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.6 lattice_0.20-33 Rsamtools_1.24.0
[4] Biostrings_2.40.2 digest_0.6.10 mime_0.5
[7] R6_2.1.3 plyr_1.8.4 chron_2.3-47
[10] acepack_1.3-3.3 RSQLite_1.0.0 httr_1.2.1
[13] BiocInstaller_1.22.3 zlibbioc_1.18.0 data.table_1.9.6
[16] rpart_4.1-10 Matrix_1.2-6 labeling_0.3
[19] splines_3.3.1 BiocParallel_1.6.6 AnnotationHub_2.4.2
[22] stringr_1.1.0 foreign_0.8-66 RCurl_1.95-4.8
[25] biomaRt_2.28.0 munsell_0.4.3 shiny_0.13.2
[28] httpuv_1.3.3 rtracklayer_1.32.2 htmltools_0.3.5
[31] nnet_7.3-12 SummarizedExperiment_1.2.3 gridExtra_2.2.1
[34] interactiveDisplayBase_1.10.3 Hmisc_3.17-4 XML_3.98-1.4
[37] reshape_0.8.5 GenomicAlignments_1.8.4 bitops_1.0-6
[40] RBGL_1.48.1 xtable_1.8-2 GGally_1.2.0
[43] gtable_0.2.0 DBI_0.5 magrittr_1.5
[46] scales_0.4.0 graph_1.50.0 stringi_1.1.1
[49] XVector_0.12.1 reshape2_1.4.1 latticeExtra_0.6-28
[52] Formula_1.2-1 RColorBrewer_1.1-2 ensembldb_1.4.7
[55] tools_3.3.1 dichromat_2.0-0 BSgenome_1.40.1
[58] survival_2.39-5 colorspace_1.2-6 cluster_2.0.4
[61] VariantAnnotation_1.18.7
我想我已经找到了我要找的参数：它是关于使用 geom_text() 函数的。您可以生成一个包含 SNP 位置的 int 向量和一个包含 SNP 名称的 chr 向量。之后添加 + geom_text(x = int_vector, y = rep(1.3,4), label = chr_vector, angle = 45, hjust = -0.4, vjust = 0.2, size = 3) 即可。可能有更简单的方法，如果您分享它们，我将不胜感激。
我正在尝试绘制一定数量的 SNP，并在 x 轴上同时显示染色体位置和它们的标签。
我已将床文件中的 SNP 信息导入到 GRanges 对象中。
我的床档是这样的：
chr17 78191000 78191000 rsAAA 1 +
chr17 78191900 78191900 rsBBB 1 +
chr17 78194002 78194002 rsCCC 1 +
chr17 78197170 78197170 rsDDD 1 +
我用来将床文件转换为 GRanges 对象的函数是来自该网站的函数：http://davetang.org/muse/2015/02/04/bed-granges/
bed_to_granges <- function(file){
df <- read.table(file,
header=F,
stringsAsFactors=F)
if(length(df) > 6){
df <- df[,-c(7:length(df))]
}
if(length(df)<3){
stop("File has less than 3 columns")
}
header <- c('chr','start','end','id','score','strand')
names(df) <- header[1:length(names(df))]
if('strand' %in% colnames(df)){
df$strand <- gsub(pattern="[^+-]+", replacement = '*', x = df$strand)
}
library("GenomicRanges")
if(length(df)==3){
gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end)))
} else if (length(df)==4){
gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id))
} else if (length(df)==5){
gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id, score=as.character(score)))
} else if (length(df)==6){
gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id, score=as.character(score), strand=strand))
}
return(gr)
}
导入床文件并根据人类 hg19 构建重新格式化的代码如下：
library(ggbio)
data(hg19Ideogram, package = "biovizBase")
setwd(".../Test")
## Import bed file as GRanges file
SNP <- bed_to_granges("SNP_position.bed")
seqlengths(SNP) <- seqlengths(hg19Ideogram)[names(seqlengths(SNP))]
SNP_dn <- keepSeqlevels(SNP, paste0("chr", c(1:22, "X", "Y")))
我尝试通过以下方式绘制 SNP：
SNP_location <- autoplot(SNP_dn) +
theme(text = element_text(size=8),
axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1)) +
theme(legend.position="none") +
xlim(78190000,78200000) +
scale_x_sequnit("Mb")
fixed(SNP_location) <- TRUE
SNP_location
此代码 returns x 轴为染色体位置且 SNP 位于正确位置的图。
SNP_IDs <- autoplot(SNP_dn) +
scale_x_continuous(name = "\nSNP IDs",
breaks = as.vector(start(SNP_dn)),
labels = as.factor (SNP_dn$id)) +
theme(text = element_text(size=8),
axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1)) +
theme(legend.position="none") +
xlim(78190000,78200000)
fixed(SNP_IDs) <- TRUE
SNP_IDs
此代码 returns 重新缩放的 x 轴，其中 x 轴刻度对应于 SNP 本身的位置和标签，但我丢失了染色体参考。
我想要一个像第一个一样的图，其中 x 轴根据染色体位置缩放，第二行位于同一图中包含 SNP 名称的任何地方。
之后我想将此图与显示来自同一区域的其他特征的其他图与 ggbio tracks 函数结合起来，为了做到这一点，它们需要具有相同的染色体限制。
有没有一种简单的方法来标记 SNP，在染色体尺度上保持原始 x 轴？
非常感谢，
最佳，
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] grid stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets methods
[10] base
other attached packages:
[1] Homo.sapiens_1.3.1 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2
[3] org.Hs.eg.db_3.3.0 GO.db_3.3.0
[5] OrganismDbi_1.14.1 GenomicFeatures_1.24.5
[7] AnnotationDbi_1.34.4 Biobase_2.32.0
[9] GenomicRanges_1.24.2 GenomeInfoDb_1.8.3
[11] IRanges_2.6.1 S4Vectors_0.10.3
[13] biovizBase_1.20.0 ggbio_1.20.2
[15] ggplot2_2.1.0 BiocGenerics_0.18.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.6 lattice_0.20-33 Rsamtools_1.24.0
[4] Biostrings_2.40.2 digest_0.6.10 mime_0.5
[7] R6_2.1.3 plyr_1.8.4 chron_2.3-47
[10] acepack_1.3-3.3 RSQLite_1.0.0 httr_1.2.1
[13] BiocInstaller_1.22.3 zlibbioc_1.18.0 data.table_1.9.6
[16] rpart_4.1-10 Matrix_1.2-6 labeling_0.3
[19] splines_3.3.1 BiocParallel_1.6.6 AnnotationHub_2.4.2
[22] stringr_1.1.0 foreign_0.8-66 RCurl_1.95-4.8
[25] biomaRt_2.28.0 munsell_0.4.3 shiny_0.13.2
[28] httpuv_1.3.3 rtracklayer_1.32.2 htmltools_0.3.5
[31] nnet_7.3-12 SummarizedExperiment_1.2.3 gridExtra_2.2.1
[34] interactiveDisplayBase_1.10.3 Hmisc_3.17-4 XML_3.98-1.4
[37] reshape_0.8.5 GenomicAlignments_1.8.4 bitops_1.0-6
[40] RBGL_1.48.1 xtable_1.8-2 GGally_1.2.0
[43] gtable_0.2.0 DBI_0.5 magrittr_1.5
[46] scales_0.4.0 graph_1.50.0 stringi_1.1.1
[49] XVector_0.12.1 reshape2_1.4.1 latticeExtra_0.6-28
[52] Formula_1.2-1 RColorBrewer_1.1-2 ensembldb_1.4.7
[55] tools_3.3.1 dichromat_2.0-0 BSgenome_1.40.1
[58] survival_2.39-5 colorspace_1.2-6 cluster_2.0.4
[61] VariantAnnotation_1.18.7
我想我已经找到了我要找的参数：它是关于使用 geom_text() 函数的。您可以生成一个包含 SNP 位置的 int 向量和一个包含 SNP 名称的 chr 向量。之后添加 + geom_text(x = int_vector, y = rep(1.3,4), label = chr_vector, angle = 45, hjust = -0.4, vjust = 0.2, size = 3) 即可。可能有更简单的方法，如果您分享它们，我将不胜感激。