在 Groovy 中使用 JsonOutput 向 JSON 文件元素添加了不必要的引号

Question

我的 Groovy 脚本正在创建一个 JSON 文件，如下所示：

进入 hsps 数组的元素数量是可变的。基本上，我的输出是正确的，但脚本向元素添加了不必要的引号。相关代码如下所示：

    foundPlasmids.each {
    def tempHSPs = []
    it.hsps.each{
        def hsps = JsonOutput.toJson(
            [bit_score: it.bit_score, 
            evalue: it.evalue, 
            score: it.score, 
            query_from: it.query_from,
            query_to: it.query_to,
            hit_from: it.hit_from,
            hit_to: it.hit_to,
            align_len: it.align_len,
            gaps: it.gaps]
        )
        tempHSPs << JsonOutput.prettyPrint(hsps)
    }

    def output = JsonOutput.toJson(
        [contig: it.contig, title: it.title, accNumber: it.accession, length: it.length, noHSPs: it.noHsps, hsps: tempHSPs]
    )

    prettyOutput << JsonOutput.prettyPrint(output)
}

foundPlasmids 是包含所有信息的散列，包括 hsps 数组。我 prettyPrint 将所有 hsps 数组放入 tempHSPs 并将 tempHSPs 传递给 output。我不明白为什么要添加额外的引号，也想不出将 hsps 数组传递到 output 的不同方法。感谢您的帮助。

Answer 1

您放入 tempHSPs 数组的对象是 JSON 的字符串表示形式，它们由 prettyPrint 函数生成。 JsonOutput return 字符串中的所有 toJson 函数，prettyPrint 接受一个字符串，对其进行格式化，然后 returns 一个字符串。

您没有放入tempHSPs 的是实际的JSON 对象或数组。您正在输入一个字符串，因此最终输出在每个顶级元素中包含一个包含单个字符串值的数组 "hsps"。

这有两个问题。

一个是调用 def output = JsonOutput.toJson 时字符串没有被正确转义，我只能假设这是 JsonOutput class 中的错误？这似乎不太可能，但我没有更好的解释。它应该看起来更像...

[
    {
        "nohsps": 1,
        "hsps": [
            "{\r\n    \"bit_score\": 841.346,\r\n    \"evalue\": 0,\r\n    (and so on)\r\n}"
        ]
    },
    {
        "nohsps": 6,
        "hsps": [
            "{\r\n    \"bit_score\": 767.48,\r\n    \"evalue\": 0,\r\n    (and so on)\r\n}"
        ]
    }
]

第二个问题是，听起来您不想要字符串而是想要 JSON 对象，所以停止将您的 Groovy 对象转换为字符串...

def tempHSPs = []
it.hsps.each{
    def hsps =
        [bit_score: it.bit_score, 
        evalue: it.evalue, 
        score: it.score, 
        query_from: it.query_from,
        query_to: it.query_to,
        hit_from: it.hit_from,
        hit_to: it.hit_to,
        align_len: it.align_len,
        gaps: it.gaps]
    )
    tempHSPs << hsps
}

或者，如果要简化的话，把tempHSPs那些东西全部删掉，让JsonObject自动序列化，看看自动出来的东西：

def output = JsonOutput.toJson(
        [contig: it.contig, title: it.title, accNumber: it.accession, length: it.length, noHSPs: it.noHsps, hsps: foundPlasmids*.hsps ]
    )

（我还没有验证这个语法；我只是在消耗内存。）

如果它在 hsps 对象上阻塞或者您不喜欢生成的输出（例如，如果您想删除或重命名某些属性），请像现在一样继续制作地图。

在 Groovy 中使用 JsonOutput 向 JSON 文件元素添加了不必要的引号

Unnecessary quotes added to JSON file elements using JsonOutput in Groovy

arrays

json

groovy

quotes

pretty-print