Python

Question

所以我的脚本有一个大问题：我用 numpy 做了一个数组，其中包含一些点的 x、y 和 z 坐标。其中一些点具有负坐标（对于 x and/or y and/or z）。由于我不明白的原因，当我使用 matplotlib 中的函数 scatter 时，它会绘制所有具有正坐标的点（这意味着如果坐标为负，它将被绘制为正...）：

所以我的问题很简单：为什么要这样做，以及如何正确绘制具有负坐标的点？

这是我的代码，分为两部分：

#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-

import Tkinter
from matplotlib.backends.backend_tkagg import FigureCanvasTkAgg
from matplotlib.figure import Figure
import numpy as np
import os
import subprocess
import Parse_Gro

class windowsTk(Tkinter.Tk):
    def __init__(self,parent):
        Tkinter.Tk.__init__(self,parent)
        self.parent = parent
        self.f = Figure(figsize=(6, 6), dpi=100)
        self.canevas = FigureCanvasTkAgg(self.f, master=self)
        self.subplota= self.f.add_subplot(111)
        self.RotateMatY= np.matrix([[np.cos(0.2*np.pi),0,np.sin(0.2*np.pi)],[0,1,0],[-np.sin(0.2*np.pi),0,np.cos(0.2*np.pi)]])
        self.RotateMatZ= np.matrix([[np.cos(0.2*np.pi),-np.sin(0.2*np.pi),0],[np.sin(0.2*np.pi),np.cos(0.2*np.pi),0],[0,0,1]])
        self.matrice=Parse_Gro.get_Coordinates()
        self.initialize()

    def initialize(self):
        self.grid()

        self.canevas.get_tk_widget().grid(column=0,row=0,columnspan=3)

        button1 = Tkinter.Button(self,text=u"Rotate Right",command=self.ClickonRight)
        button1.grid(column=2,row=2)
        button2 = Tkinter.Button(self,text=u"Rotate Left",command=self.ClickonLeft)
        button2.grid(column=0,row=2)
        button3 = Tkinter.Button(self,text=u"Rotate Up",command=self.ClickonUp)
        button3.grid(column=1,row=1)
        button4 = Tkinter.Button(self,text=u"Rotate Down",command=self.ClickonDown)
        button4.grid(column=1,row=3)
        #Sort according to X coordinate (first column)
        #self.matrice=np.sort(self.matrice, axis=0)
        #Scatter Plot Test
        self.subplota.scatter(self.matrice[:,1],self.matrice[:,2],c=self.matrice[:,0],s=self.matrice[:,0]*100)

    def ClickonRight(self):
        print"Right Rotation"
    def ClickonLeft(self):
        print"Left Rotation"
    def ClickonUp(self):
        print"Up Rotation"
    def ClickonDown(self):
        print"Down Rotation"

if __name__ == "__main__":
    app = windowsTk(None)
    app.title('Visualisation 3D Proteine')
    app.mainloop()

这是另一个file.py中代码的第二部分：

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import os
import subprocess
import numpy as np

def get_Coordinates():

    path = raw_input("Enter a Path to your PDB file: ")
    #Path Example :/home/yoann
    os.chdir(path)
    filename = raw_input("Enter the name of your PDB file: ")
    #Filename Example : 5f4c.pdb
    bashCommand = "gmx editconf -f {:s} -o output.gro -center 0 0 0 -aligncenter 0 0 0".format(filename)
    process = subprocess.Popen(bashCommand.split(), stdout=subprocess.PIPE)
    output = process.communicate()[0]

    ListX=[]
    ListY=[]
    ListZ=[]
    with open("/home/yoann/output.gro","r") as file:
        lines = file.readlines()
        for line in lines[2:-1:]:
            ListX.append(float(line[22:28]))
            ListY.append(float(line[30:36]))
            ListZ.append(float(line[38:44]))
    matrixCoord=np.column_stack([ListX,ListY,ListZ])

    return matrixCoord

这里我用函数 get_Coordinate() 把 File 的内容举个例子 red :

PUTATIVE CYTOPLASMIC PROTEIN
 1637
    1MET      N    1   1.206   1.701   1.641
    1MET     CA    2   1.077   1.663   1.575
    2ASN      C   11   0.687   1.503   1.675
    2ASN      O   12   0.688   1.495   1.550

这里我把应该显示的程序放在这里：

干杯！

Answer 1

我将您的问题解读为：

Why do the circles at negative coordinates on the axis into and out of the page look the same as their absolute value

我认为你的问题出在这一行：

self.subplota.scatter(
    self.matrice[:,1],
    self.matrice[:,2],
    c=self.matrice[:,0],
    s=self.matrice[:,0]*100
)

请记住，s 是以像素为单位的大小。它不是任何类型的 3D 支持。半径为 -100 的圆看起来与半径为 100 的圆非常相似。您应该找到数据的最小值和最大值，然后根据它们选择圆圈大小。

您是否考虑过使用 mplot3d，并且只使用预建的 3d 图 window？

Answer 2

抱歉，在我发布此消息后，我再次尝试运行我的脚本，但由于某些原因，我仍然无法正常工作！我在消息开头的捕获是好的捕获。我想这可能是在 python 中重新加载新数据的问题，也许我应该重新启动会话以使这些事情正确... 所以，如果有人遇到同样的问题，我建议重新启动您的 python 会话（也可能重新启动您的计算机）。这就是我所做的，它对我有用。这里的脚本可以免费使用，请保持友善，并在您的自述文件或您的资源中添加一点注释，说明它们来自我 (Yoann PAGEAUD) ;) ！谢谢你们！干杯！

Python - 为什么 matplotlib 散点图的点坐标为负，坐标为正？

Python - Why scatter of matplotlib plots points which have negative coordinates, with positive coordinates?

numpy

matplotlib

negative-number

scatter