GDCM 库无法读取 C# 中的 dicom 文件

Question

我尝试使用以下代码使用 GDCM 库读取 DICOM 文件：

gdcm.ImageReader imagereader = new gdcm.ImageReader();
imagereader.SetFileName(@"E:\sample_success.dcm");
if (!imagereader.Read()) throw new Exception("Cannot read dicom file!");

对于 "sample_success.dcm" 文件，我可以很好地读取文件 (sample_success.png)。但是使用 "sample_failed.dcm" 文件，GDCM 会抛出异常，因为它无法读取它。我尝试使用其他 DICOM 查看器（例如 Radiant）打开该文件，但它成功了。我的 GDCM 构建有问题吗？为什么它不能读取它？

我使用 GDCM 2.6.5。请找到两个示例 here.

Answer 1

您的文件在偏移 0x1480aa 后（像素数据属性中的某处）包含垃圾（一堆二进制 0）。如果没有正确报告错误，您对工具包有什么期望？

根据设计，GDCM 仍会加载它可以加载的任何内容，直到出现错误。因此，如果您在代码中删除 new Exception，您可以决定（例如）将 imagereader.GetFile() 传递给 gdcm::Writer 并将文件重写为干净的 DICOM。

附带说明一下，我无法访问 Radiant 软件，但我觉得很奇怪，在这种情况下它没有指示错误。

我已经检查过 DCMTK 和 dicom3tools，它们都报告了解析问题。

使用 gdcm 命令行工具，您几乎可以重写文件：

$ gdcmconv -I sample_failed.dcm sample_failed_correct.dcm

因为您的输入数据集无效，GDCM（错误地）认为看到了一个属性，您可以使用以下方法删除它：

$ gdcmanon --dumb --remove 0,0 sample_failed_correct.dcm sample_failed_correct_clean.dcm

然后：

$ gdcminfo sample_failed_correct.dcm 
MediaStorage is 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1 [Ultrasound Multi-frame Image Storage]
TransferSyntax is 1.2.840.10008.1.2.4.50 [JPEG Baseline (Process 1): Default Transfer Syntax for Lossy JPEG 8 Bit Image Compression]
NumberOfDimensions: 3
Dimensions: (800,600,21)
SamplesPerPixel    :3
BitsAllocated      :8
BitsStored         :8
HighBit            :7
PixelRepresentation:0
ScalarType found   :UINT8
PhotometricInterpretation: YBR_FULL_422
PlanarConfiguration: 0
TransferSyntax: 1.2.840.10008.1.2.4.50
Origin: (0,0,0)
Spacing: (0.0106324,0.0106324,1)
DirectionCosines: (1,0,0,0,1,0)
Rescale Intercept/Slope: (0,1)
Orientation Label: AXIAL

像素数据中的碎片数量有效：

$ gdcmdump sample_failed_correct.dcm | grep Item | grep "ff.d8" | wc
     21     126    2856

GDCM 库无法读取 C# 中的 dicom 文件

GDCM library cannot read dicom file in C#

c#

dicom

gdcm