Counting/autofill 在文本文件中

Question

我有一个非常简单的 bash 脚本用于 linux:

blastn -db database -evalue 1e-5 -query 001.fasta -out 001.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 &
blastn -db database -evalue 1e-5 -query 002.fasta -out 002.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1

我需要执行此操作 360 (001...360) 次。是否可以在每一行中自动生成“001”+1 的这些行？它与 excel 中的自动填充基本相同（可以对列做一个文本，写新行，然后再次连接）。只有 -query 和 -out 中的两个数字应该改变。

Answer 1

您可以使用 bash for 循环实现此目的 - http://www.cyberciti.biz/faq/bash-for-loop/

这将是 link

中的相关示例

#!/bin/bash
for i in {1..5}
do
   echo "Welcome $i times"
done

因此对于您的示例，它看起来像这样

#!/bin/bash
for i in {1..360}
do
  blastn -db database -evalue 1e-5 -query $i.fasta -out $i.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1
done

Counting/autofill 在文本文件中

Counting/autofill in a text file

bash

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