ggplot2：geom_point 的边框和填充的不同 alpha 值

Question

我想使用 geom_point 将我的数据绘制为点图。我的数据点重叠，所以我想使用抖动和透明度来增加可见性。现在我还想为每个数据点添加一个边框，让 reader 更容易看到每个数据点。但是，由于 alpha，看起来我的数据点周围有光环。这就是为什么我只想对填充使用 alpha 而对边框使用 alpha=0。但到目前为止我还没有找到解决办法。我可以绘制两个 geom_points，一个比另一个稍大，以在每个点周围创建一个边界，alpha = 0。但是因为我需要抖动，所以相同的数据点不会相互重叠。有谁知道如何解决这个问题？

这是我的代码：

ggplot(data=comp24, aes(x=spatial, y=lnfit, colour=spatial, fill=spatial, shape=spatial, backgroundColor="white", na.rm=T))+
geom_point(position=position_jitter(w=0.5), size=1.75, alpha=0.2, stroke=0.3)+
scale_colour_manual(name="spatial structure", values = c("black", "black", "black"))+
scale_fill_manual(name="spatial structure", values = c("black","black", "black"))

还有一些数据：

spatial focal competitor       lnfit
low   pco        pch -1.79175947
low   pco        pch -1.49165488
low   pco        pch -0.98082925
low   pco        pch -1.97716269
intermediate   pco        pch -0.84729786
intermediate   pco        pch -0.48379695
intermediate   pco        pch -0.64574494
intermediate   pco        pch -0.51082562
intermediate   pco        pch  1.43693809
high   pco        pch  0.89608802
high   pco        pch  0.04879016
high   pco        pch -2.20625398
high   pco        pch  0.31003898
high   pco        pch -0.01694956

这是图表的细节，它显示了我正在谈论的光环。我猜它来自填充和边框重叠一点。这就是为什么我在灰色区域内看到这条 draker 线。不幸的是，更改笔划值只会增加光晕效果。

我将图表保存为 .tif 文件：

tiff('C:/_..._..._.tif', bg = "white", res = 1600, width = 115, height = 160, units = "mm", compression="lzw")

期待您的建议。

干杯安妮

Answer 1

这应该适合你：

ggplot(data=comp24, aes(x=spatial, y=lnfit, colour=spatial, fill=spatial, shape=spatial, backgroundColor="white", na.rm=T))+
geom_point(position=position_jitter(w=0.5), size=1.75, stroke=0.3)+
scale_colour_manual(name="spatial structure", values = c("black", "black", "black"))+
scale_fill_manual(name="spatial structure", values =alpha(c("black","black", "black"),0.2))

告诉我

Answer 2

为了实现我想要的情节，我将使用 position_nudge 函数。

首先，我创建了一个具有与数据点相同长度的均匀概率分布的微调向量。这可以按如下方式完成

set.seed(10)
nudgeWidth = 0.5
nudgeVec <- (runif(nrow(comp24))-0.5)*nudgeWidth

现在我使用上面的微移向量“nudgeVec”来获得所需的图

plot1 <- ggplot(data=comp24, aes(x=spatial, y=lnfit, backgroundColor="white", na.rm=T))
plot1 <- plot1 + geom_point(position=position_nudge(x = nudgeVec),size=10.75,aes(alpha=0.2, stroke=0.5,shape=(as.integer(comp24$spatial)+14)))
plot1 <- plot1 + scale_colour_identity()
plot1 <- plot1 + scale_shape_identity()
plot1 <- plot1 + geom_point(position = position_nudge(x = nudgeVec),size=10.75,aes(alpha=1, stroke=0.5, colour="black",shape=(as.integer(spatial)-1)))
plot1

输出看起来像这样

Answer 3

一种更简单的方法（此处可用，因为您希望所有的 alpha 和颜色都相同）是使用 alpha 在 geom_point 命令中指定填充。或者，也可以 "old-fashioned" 使用两个额外的十六进制代码指定透明度的方法，例如 #00000044.

ggplot(data=comp24, aes(x=spatial, y=lnfit, shape=spatial)) +
   geom_point(position=position_jitter(width=0.5), size=1.75, 
              fill=alpha("black", 0.2), stroke=0.3)

ggplot2：geom_point 的边框和填充的不同 alpha 值

ggplot2: different alpha values for border and filling of geom_point

r

ggplot2

border

alpha