系统发育祖先重建：指定单向字符状态变化模型[ape][phytools]

Question

假设我有一个系统发育树和我的树的一些特征数据。我知道有一个字符是单向的：从 0 到 1 的转换率为正，但从 1 到 0 的转换率为零（例如，0 是二倍体，1 是多倍体）。假设我想对我的树进行祖先重建。我知道我可以使用 Ape 包中的 Ace，或 phytools 包中的 make.simmap 来进行祖先重建，但我不知道如何指定单向字符更改模型。

示例：

require(ape)
require(phytools)

# Generate example tree
set.seed(100)
tree<-rtree(10, rooted=T, tip.label=letters[1:10])
# Example characters
characters<-sample(0:1, 10, replace=T)
names(characters)<-letters[1:10]

# Equal-rates model
mod=matrix(c(0,1,1,0),2)
simmap<-make.simmap(tree, characters, model=mod)
plotSimmap(simmap) # Works fine


# My attempt at a unidirectional model: rate of change from 1 to 0 set to zero
mod = matrix(c(0,0,1,0),2)
simmap<-make.simmap(tree, characters, model=mod) # Gives me error; Error in eigen(mat) : infinite or missing values in 'x'

有人知道该怎么做吗？

Answer 1

你上面的代码对我来说工作正常使用 R 版本 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet" 在 Windows 下使用新安装的 ape 和 phytools 版本。 make.simmap 帮助文档讨论了以前版本中的一些错误。

mod = matrix(c(0,0,1,0),2)
simmap<-make.simmap(tree, characters, model=mod)
make.simmap is sampling character histories conditioned on the transition matrix
#Q =
#           0         1
#0 -0.8271365 0.8271365
#1  0.0000000 0.0000000
#(estimated using likelihood);
#and (mean) root node prior probabilities
#pi =
#  0   1 
#0.5 0.5 
#Done.

系统发育祖先重建：指定单向字符状态变化模型[ape][phytools]

Phylogenetic ancestor reconstruction: specify model of unidirectional character state change [ape][phytools]

r

phylogeny

ape-phylo