R 如何使用 foreach 获得总 CPU 时间？

Question

我正在尝试并行获取代码运行的总 CPU 小时（使用包 doParallel 中的 foreach），但我不确定如何去做这件事。我已经使用了 proc.time() 但它只是 returns 在 'real' 时间上的差异。根据我对 system.time() 的阅读，它也应该与 proc.time() 做同样的事情。如何并行获得总 CPU 小时的 R 代码运行？

Answer 1

一个小技巧是return将测得的运行时间和你的计算结果一起list。下面的示例，我们使用 system.time() 来获得与 proc.time().

相同的运行时间

注意：这是我的博客 post R with Parallel Computing from User Perspectives 的修改示例。

# fake code to show how to get runtime of each process in foreach
library(foreach)
library(doParallel)

# Real physical cores in my computer
cores <- detectCores(logical = FALSE)
cl <- makeCluster(cores)
registerDoParallel(cl, cores=cores)


system.time(
  res.gather <- foreach(i=1:cores, .combine='list') %dopar%
  {  
    s.time <- system.time( {
    set.seed(i)
    res <- matrix(runif(10^6), nrow=1000, ncol=1000)
    res <- exp(sqrt(res)*sqrt(res^3))
    })
    list(result=res, runtime=s.time)
  }
)


stopImplicitCluster()
stopCluster(cl)

因此，运行时保存在res.gather中，您可以轻松获取。所以，将它们加起来，我们就可以知道您的并行程序的总时间有多少。

> res.gather[[1]]$runtime
   user  system elapsed 
   0.42    0.04    0.48 
> res.gather[[2]]$runtime
   user  system elapsed 
   0.42    0.03    0.47 
> res.gather[[2]]$runtime[3] + res.gather[[2]]$runtime[3]
elapsed 
   0.94

最后，在不考虑 R master 等待时间的情况下，2 个 R 会话的运行时间为 0.94 秒。

R 如何使用 foreach 获得总 CPU 时间？

R How to get total CPU time with foreach?

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