matplotlib 中带有单像素标记的散点图

Question

我正在尝试用散点图绘制大型数据集。我想使用 matplotlib 用单像素标记绘制它。好像已经解决了

https://github.com/matplotlib/matplotlib/pull/695

但是我找不到关于如何获得单个像素标记的提及。

我的简化数据集（data.csv）

Length,Time
78154393,139.324091
84016477,229.159305
84626159,219.727537
102021548,225.222662
106399706,221.022827
107945741,206.760239
109741689,200.153263
126270147,220.102802
207813132,181.67058
610704756,50.59529
623110004,50.533158
653383018,52.993885
659376270,53.536834
680682368,55.97628
717978082,59.043843

我的代码如下。

import pandas as pd
import os
import numpy
import matplotlib.pyplot as plt

inputfile='data.csv'
iplevel = pd.read_csv(inputfile)
base = os.path.splitext(inputfile)[0]

fig = plt.figure()
plt.yscale('log')
#plt.xscale('log')
plt.title(' My plot:  '+base)
plt.xlabel('x')
plt.ylabel('y')
plt.scatter(iplevel['Time'], iplevel['Length'],color='black',marker=',',lw=0,s=1)
fig.tight_layout()
fig.savefig(base+'_plot.png', dpi=fig.dpi)

您可以在下面看到这些点不是单个像素。

感谢任何帮助

Answer 1

问题

我担心您引用的 matplotlib git 存储库中讨论的错误修复仅对 plt.plot() 有效，对 plt.scatter()

无效

import matplotlib.pyplot as plt

fig = plt.figure(figsize=(4,2))
ax = fig.add_subplot(121)
ax2 = fig.add_subplot(122, sharex=ax, sharey=ax)
ax.plot([1, 2],[0.4,0.4],color='black',marker=',',lw=0, linestyle="")
ax.set_title("ax.plot")
ax2.scatter([1,2],[0.4,0.4],color='black',marker=',',lw=0, s=1)
ax2.set_title("ax.scatter")
ax.set_xlim(0,8)
ax.set_ylim(0,1)
fig.tight_layout()
print fig.dpi #prints 80 in my case
fig.savefig('plot.png', dpi=fig.dpi)

解决方案：设置标记大小

解决方案是使用通常的 "o" 或 "s" 标记，但将标记大小设置为正好一个像素。由于标记大小以点为单位给出，因此需要使用图形 dpi 来计算一个像素的大小（以点为单位）。这是 72./fig.dpi.

For aplot`，markersize直接

ax.plot(..., marker="o", ms=72./fig.dpi)

对于 scatter，标记大小通过 s 参数给出，以平方点为单位，
```
ax.scatter(..., marker='o', s=(72./fig.dpi)**2)
```

完整示例：

import matplotlib.pyplot as plt

fig = plt.figure(figsize=(4,2))
ax = fig.add_subplot(121)
ax2 = fig.add_subplot(122, sharex=ax, sharey=ax)
ax.plot([1, 2],[0.4,0.4], marker='o',ms=72./fig.dpi, mew=0, 
        color='black', linestyle="", lw=0)
ax.set_title("ax.plot")
ax2.scatter([1,2],[0.4,0.4],color='black', marker='o', lw=0, s=(72./fig.dpi)**2)
ax2.set_title("ax.scatter")
ax.set_xlim(0,8)
ax.set_ylim(0,1)
fig.tight_layout()
fig.savefig('plot.png', dpi=fig.dpi)

Answer 2

对于仍在尝试解决这个问题的任何人，我找到的解决方案是在 plt.scatter 中指定 s 参数。

s 参数指的是您正在绘制的点的面积。

它似乎不是很完美，因为 s=1 似乎覆盖了我屏幕的大约 4 个像素，但这肯定使它们比我能找到的任何其他东西都要小。

https://matplotlib.org/devdocs/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.scatter.html

s : scalar or array_like, shape (n, ), optional
size in points^2. Default is rcParams['lines.markersize'] ** 2.

Answer 3

将 plt.scatter() 参数设置为 linewidths=0 并找出参数 s 的正确值。

来源：

matplotlib 中带有单像素标记的散点图

scatter plot with single pixel marker in matplotlib

python

matplotlib

scatter-plot

问题

解决方案：设置标记大小