在基于 linux 的集群上调用 Matlab：matlab 会话在我的文件完全执行之前停止
Calling Matlab on a linux based Cluster: matlab sessions stops before m file is completly executed
我是 运行 一个 bash 脚本，它多次在基于 Linux 的集群上提交一些 pbs 作业。每个提交调用 Matlab，读取一些数据，执行计算，并将结果写回我的目录。
这个过程没有任何异常。对于某些计算，m 文件开始，加载所有内容，然后执行计算，但在将结果打印到标准输出时，作业终止。
pbs的日志文件没有显示错误信息，matlab没有显示错误信息。
代码在我的电脑上完美运行。我没主意了。
如果有人知道我能做什么，我将不胜感激。
提前致谢
错误
编辑：
是否有可能强制 matlab 到达文件末尾？有帮助吗？
编辑@18:00：
正如 HBHB 在下面的评论中所要求的，这里是显示外部 *.sh 文件如何调用 matlab 的评论
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l pmem=1gb
#PBS -l mem=1gb
#PBS -l walltime=00:05:00
module load MATLAB/R2015b
cd $PBS_O_WORKDIR
matlab -nosplash -nodisplay -nojvm -r "addpath('./data/calc');myFunc("$a","$b"),quit()"
其中 $a 和 $b 来自调用方 bash 文件中的循环，并且 ./data/calc 指向 myFunction 所在的目录
编辑@18:34：如果我手动执行计算，那么一切都运行良好。所以给定的数据很好，似乎缩小到 pbs?
编辑 @21:27 我在 matlab 调用周围放置了一个 until 循环，检查 matlab Returns 是否需要所需的数据。如果没有，它应该在一段时间后重新启动 matlab。但仍然。 matlab 在完成计算后停止，同时打印结果（一些矩阵），甚至作业完成。永远不会到达重启的检查部分。
我不明白。作业留在队列中，就像我计划的那样，稍有延迟。所以 sleep$w 会被执行吗？但是如果我检查错误文件，它只会向我显示第一轮冻结的 matlab，可被 i 识别。这是那部分代码。也许你可以帮助我
#w=w wait
i=1
until [[ -e ./temp/$b/As$a && -e ./temp/$b/Bs$a && -e ./temp/$b/Cs$a && -e ./temp/$b/lamb$a ]]
do
echo $i
matlab -nosplash -nodisplay -nojvm -r "addpath('./data/calc');myFunc("$a","$b"),quit()"
sleep $w
((i=i+1))
done
您很可能因为内存有限而阻塞了您的 matlab 进程。您的 PBS 文件：
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l pmem=1gb
#PBS -l mem=1gb
#PBS -l walltime=00:05:00
您正在将物理内存设置为 1GB。没有任何文件的 Matlab 运行大约 900MB 的虚拟内存。尝试：
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l pvmem=5gb
#PBS -l walltime=00:05:00
此外，这是您应该联系本地系统管理员的事情。没有系统日志，我无法确定地告诉你为什么你的工作被缩短了（但我猜是资源限制）。作为 HPC 中心的 SA，我可以告诉您，他们可以在大约 5 分钟内告诉您您的工作无法正常工作的原因。此外，不同的 HPC 中心使用不同的 PBS 配置。所以 mem 甚至可能无法识别；这是您的本地管理员可以比 Whosebug 更好地帮助您的事情。
我是 运行 一个 bash 脚本，它多次在基于 Linux 的集群上提交一些 pbs 作业。每个提交调用 Matlab，读取一些数据，执行计算，并将结果写回我的目录。
这个过程没有任何异常。对于某些计算，m 文件开始，加载所有内容，然后执行计算，但在将结果打印到标准输出时，作业终止。
pbs的日志文件没有显示错误信息，matlab没有显示错误信息。 代码在我的电脑上完美运行。我没主意了。
如果有人知道我能做什么，我将不胜感激。
提前致谢 错误
编辑： 是否有可能强制 matlab 到达文件末尾？有帮助吗？
编辑@18:00： 正如 HBHB 在下面的评论中所要求的，这里是显示外部 *.sh 文件如何调用 matlab 的评论
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l pmem=1gb
#PBS -l mem=1gb
#PBS -l walltime=00:05:00
module load MATLAB/R2015b
cd $PBS_O_WORKDIR
matlab -nosplash -nodisplay -nojvm -r "addpath('./data/calc');myFunc("$a","$b"),quit()"
其中 $a 和 $b 来自调用方 bash 文件中的循环，并且 ./data/calc 指向 myFunction 所在的目录
编辑@18:34：如果我手动执行计算，那么一切都运行良好。所以给定的数据很好，似乎缩小到 pbs?
编辑 @21:27 我在 matlab 调用周围放置了一个 until 循环，检查 matlab Returns 是否需要所需的数据。如果没有，它应该在一段时间后重新启动 matlab。但仍然。 matlab 在完成计算后停止，同时打印结果（一些矩阵），甚至作业完成。永远不会到达重启的检查部分。
我不明白。作业留在队列中，就像我计划的那样，稍有延迟。所以 sleep$w 会被执行吗？但是如果我检查错误文件，它只会向我显示第一轮冻结的 matlab，可被 i 识别。这是那部分代码。也许你可以帮助我
#w=w wait
i=1
until [[ -e ./temp/$b/As$a && -e ./temp/$b/Bs$a && -e ./temp/$b/Cs$a && -e ./temp/$b/lamb$a ]]
do
echo $i
matlab -nosplash -nodisplay -nojvm -r "addpath('./data/calc');myFunc("$a","$b"),quit()"
sleep $w
((i=i+1))
done
您很可能因为内存有限而阻塞了您的 matlab 进程。您的 PBS 文件：
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l pmem=1gb
#PBS -l mem=1gb
#PBS -l walltime=00:05:00
您正在将物理内存设置为 1GB。没有任何文件的 Matlab 运行大约 900MB 的虚拟内存。尝试：
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l pvmem=5gb
#PBS -l walltime=00:05:00
此外，这是您应该联系本地系统管理员的事情。没有系统日志，我无法确定地告诉你为什么你的工作被缩短了（但我猜是资源限制）。作为 HPC 中心的 SA，我可以告诉您，他们可以在大约 5 分钟内告诉您您的工作无法正常工作的原因。此外，不同的 HPC 中心使用不同的 PBS 配置。所以 mem 甚至可能无法识别；这是您的本地管理员可以比 Whosebug 更好地帮助您的事情。