使用 dendextend 在 R 中绘制 tanglegrams 子图

Question

我正在使用 dendextend 在 R 中绘制缠结图。我想知道是否可以使用 par(mfrow = c(2,2))?

绘制多个子图

我好像想不通。

谢谢

library(dendextend)
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char")
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15)
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51)

par(mfrow = c(2,2))
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)
tanglegram(dends_15_51)

Answer 1

tl;dr: 无法将 par(mfrow=...) 与函数 tanglegram 一起使用，但可以使用 layout。

解释： 如果你仔细观察函数 tanglegram，你会发现 (methods(tanglegram)) 下面有几个方法，其中其中，dendextend:::tanglegram.dendrogram 被调用来绘制 tanglegram（在 dendextend:::tanglegram.dendlist 函数中可以看到）。

在这个函数里面，调用了layout:

layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width)

这个 "erases" 您之前设置的 par(mfrow=c(2, 2)) 并将其更改为 c(1, 3) （只是为了函数的 "time" 因为在函数的末尾，该值已重置...）。

的确，在 layout 的帮助页面中，它说：

These functions are totally incompatible with the other mechanisms for arranging plots on a device: par(mfrow), par(mfcol) and split.screen.

结论： 如果你想在同一个 "window" 中绘制多个缠结图，你需要使用 layout 调用（有 12 个子部分： 2 行和 6 列）在调用 tanglegram 之前使用参数 just_one=FALSE.

抑制 tanglegram 内的 layout 调用

绘制多个缠结图的示例：

使用下面的代码，您可以获得所需的绘图（我将函数的默认宽度用于布局）：

layout(matrix(1:12, nrow=2, byrow=TRUE), widths=rep(c(5, 3, 5), 2))
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)
tanglegram.dendlist_mod(dends_15_51, just_one=FALSE)

这是通过更新 dendextend 包完成的，其中：我修改了 2 个函数 tanglegram.dendrogram 和 tanglegram.dendlist 以添加一个 just_one 参数，默认为 TRUE并将 tanglegram.dendrogram 中的 layout 行更改为：

 if (just_one) layout(matrix(1:3, nrow = 1), widths = columns_width)

我还抑制了 par 参数的重置，当然更改了 tanglegram.dendlist 中的调用（现在称为 tanglegram.dendlist_mod）所以它调用新修改的函数，合并 just_one 参数并将其传递给修改后的 tanglegram.dendrogram 函数。

Answer 2

您可以创建多个图并在将它们放入文档时排列它们，而不是在单个图形设备中创建组合图。 knitr 包通过使用 fig.show = "hold" 保留在单个 R 块中生成的多个图并指定相关的 out.width，例如50% 有两个连续的图，当图被放置在文档中时。

例如，在 R markdown (.Rmd) 文件中，您可能有

```{r, fig.show = "hold", out.width = "50%", echo = FALSE}
suppressPackageStartupMessages(library(dendextend))
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 <- dend15 %>% set("labels_to_char")
dend51 <- dend15 %>% set("labels", as.character(5:1)) %>% match_order_by_labels(dend15)
dends_15_51 <- dendlist(dend15, dend51)
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
plot.new()
tanglegram(dends_15_51, margin_outer = 1)
```

当 knit 变为 HTML 时，将如下所示：

我对代码做了一些修改：

禁止显示来自 dendextend 的程序包启动消息。
增加默认值 margin_outer 以避免相邻绘图的 x 轴标签重叠。
在 tanglegram 的调用之间添加了 plot.new()，否则下一个图将绘制在前一个图的顶部（这是 tanglegram 使用 layout 并且在生成多个图时通常不需要）。

可以在 .Rnw 文件中使用相同的方法。如果您正在编译为 PDF（通过 LaTeX），您可以添加图形标题和子标题，请参阅 knitr demo #067 - Graphics Options 了解更多详细信息。

使用 dendextend 在 R 中绘制 tanglegrams 子图

Plotting tanglegrams subplots in R using dendextend

r

plot

visualization

dendrogram

dendextend