使用 Biopython 更改 fasta 文件中的 DNA 序列

Question

我有一个包含多个 DNA 序列的 fasta 格式的文件。我想为另一个较小的序列更改每个序列的内容，同时保持相同的序列 ID。新序列在列表中。

with open("outfile.fa", "w") as f:
    for seq_record in SeqIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta"):
        for i in range(len(newSequences_ok)):
            f.write(str(seq_record.id[i]) + "\n")
            f.write(str(newSequences_ok[i]) + "\n")

但我得到：

IndexError: string index out of range

我如何更改代码才能使其正常工作？我认为问题是我需要遍历原始 fasta 文件和新序列列表。

原始的fasta文件是这样的：

>Sequence1
ATGATGCATGG
>Sequence2
TTTTGGGAATC
>Sequence3
GGGCTAACTAC
>Sequence4
ATCTCAGGAA

新序列的列表与此相似：

newSequences_ok=[ATGG,TTTC,GGTA,CTCG]

我想要得到的输出是：

>Sequence1
ATGG
>Sequence2
TTTC
>Sequence3
GGTA
>Sequence4
CTCG

Answer 1

我认为这个可能有效：

records = SeqIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta")
with open("outfile.fa", "w") as f:
    for r, s in zip(records,newSequences_ok):
        f.write(r.seq.seq.split('\n')[0] + '\n')
        f.write(s + '\n')

如果不是（即使是）——您真的需要仔细阅读 Biopython 的工作原理。您将 SeqIO.parse 视为直接 returns 文件行的内容。相反，它 returns SeqRecord 具有 seq 属性的对象 returns Seq 本身具有两个属性的对象，一个 seq 属性（其中是你似乎想要的）和一个 alphabet 属性。在尝试修改之前，您应该集中精力提取您感兴趣的信息。

使用 Biopython 更改 fasta 文件中的 DNA 序列

Change DNA sequences in fasta file using Biopython

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