Mykrobe 预测器 JSON 到 TSV 转换器

Question

我想问一个关于文件转换的问题。

我有一个 JSON 文件（在执行 AMR 预测后），我想根据 Mykrobe-predictor 脚本 (json_to_tsv.py) 将其转换为 TSV 文件，这是我的 JSON 输出 (result_TB.json).

./json_to_tsv.py /path/to/JSON_file

当我将命令粘贴到终端时，我在第 78 行遇到了 IndexError。

https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/blob/master/scripts/json_to_tsv.py#L78

 def get_sample_name(f):
  return f.split('/')[-2]

这是我得到的错误：

mykrobe_version file plate_name sample drug phylo_group species lineage phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth susceptibility variants (gene:alt_depth:wt_depth:conf) genes (prot_mut-ref_mut:percent_covg:depth)
  Traceback (most recent call last):
  File "./json_to_tsv.py", line 157, in <module>
  sample_name = get_sample_name(f)
  File "./json_to_tsv.py", line 78, in get_sample_name
  return f.split('/')[-2]
  IndexError: list index out of range

如有任何建议，我们将不胜感激。

Answer 1

查看代码，我猜他们希望用类似的东西调用转换器：

python json_to_tsv.py plate/sample1/sample1.json

尝试将您的 JSON 文件复制到一个名为 plate 的目录中的一个名为 sample1 的目录中，看看您在调用它时是否会遇到与上述示例相同的错误。

更新

确实是上述问题

无效：

python json_to_tsv.py result_TB.json

mykrobe_version file plate_name sample drug phylo_group species lineage phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth susceptibility variants (gene:alt_depth:wt_depth:conf) genes (prot_mut-ref_mut:percent_covg:depth)
Traceback (most recent call last):   File "json_to_tsv.py", line 157, in <module>
    sample_name = get_sample_name(f)   File "json_to_tsv.py", line 78, in get_sample_name
    return f.split('/')[-2] IndexError: list index out of range

作品：

python json_to_tsv.py plate/sample/result_TB.json

mykrobe_version file plate_name sample drug phylo_group species lineage phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth susceptibility variants (gene:alt_depth:wt_depth:conf) genes (prot_mut-ref_mut:percent_covg:depth)

-1 result_TB plate sample NA

Mykrobe 预测器 JSON 到 TSV 转换器

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