在 R 中自动创建个人图书馆

Question

当您尝试在 R 中安装包并且您没有访问默认库路径的权限时，R 会询问您：

Would you like to use a personal library instead?

Would you like to create a personal library '~/path' to install packages into?

但是，如果您是运行 Rscript，这些消息将不会显示并且安装会失败。我可以预定义特定路径并指示 install.packages 使用它，但我不想创建特定于此 Rscript 的额外库路径。我只想使用默认的个人图书馆。有没有办法在不需要交互的情况下强制创建个人图书馆？

Answer 1

您可以使用Sys.getenv("R_LIBS_USER")获取本地图书馆搜索位置。

这就是我最终所做的，似乎有效（最难的部分是测试解决方案，因为问题只在您第一次尝试安装包时出现）：

# create local user library path (not present by default)
dir.create(path = Sys.getenv("R_LIBS_USER"), showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
# install to local user library path
install.packages(p, lib = Sys.getenv("R_LIBS_USER"), repos = "https://cran.rstudio.com/")
# Bioconductor version (works for both Bioconductor and CRAN packages)
BiocManager::install(p, update = FALSE, lib = Sys.getenv("R_LIBS_USER"))

正如@hrbrmstr 在评论中指出的那样，强制安装软件包可能不是一个好主意，因此使用风险自负。

在 R 中自动创建个人图书馆

automatically create personal library in R

r

rscript