如果我设置 echo=FALSE，R Markdown 会使自定义绘图消失

Question

我创建了一个自定义函数，将 mfrow 设置为 nxn 并创建 n^2 散点图，每个图上有多个数据集，基于数据框的输入列表。我的绘图函数的签名如下所示：

plot.return.list<-function(df.list,num.plot,title)

其中df.list是我的数据框列表，num.plot是要生成的图总数（用于设置mfrow），title是整体绘图标题（该函数为每个人生成标题 sub-graph）。

当我从控制台运行函数时，这可以很好地创建绘图。但是，我正在尝试使用 RStudio 将此图放入降价文档中，如下所示：

```{r, fig.height=6,fig.width=6} 
plot.return.list(f.1.list,4,bquote(atop("Numerical Approximations vs Exact Soltuions for "
,dot(x)==-1*x*(t))))
```

因为我没有在我的 {r} 语句中设置 echo 选项，所以这会打印绘图代码和绘图本身。但是，如果我的第一行改为：

{r, fig.height=6,fig.width=6,echo=FALSE}

然后代码和情节都从最终文档中消失了。

如何在没有代码的情况下显示情节？根据 RStudio 给出的示例，设置 echo=FALSE 应该使情节在没有代码的情况下出现，但这不是我观察到的行为。

编辑： 我似乎已经将我的问题追溯到 kable。无论我是否正在制作自定义 plot-helper 函数，对 kable 的任何调用都会破坏我的情节。这可以在降价中复制：

---
title: "repro"
author: "Frank Moore-Clingenpeel"
date: "October 9, 2016"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
options(default=TRUE)
repro.df<-data.frame((0.1*1:10)%*%t(1:10)) 
```
```{r, echo=FALSE}
kable(repro.df)
```
```{r, fig.height=6,fig.width=6,echo=FALSE} 
plot(repro.df[,1],repro.df[,2])
```

在这段代码中，由于我将 echo 设置为 false，因此不会绘制该图；删除标志使情节可见

另请注意，在我的重现代码中，kable 在最后一行生成了带有一堆垃圾的 table——我不知道为什么，但对于我的完整原始代码，我认为这与我的问题无关。

Answer 1

感谢您提供可重现的示例。从这里我可以看出问题是你的 table 块和你的 plot 块之间没有换行符。

如果你要编织它并检查 knit 生成的 MD 文件（或将 html_document 设置为你的输出格式并让 keep_md: true 查看它），你会看到 table代码和剧情代码之间没有任何换行符。 Pandoc 需要这个来分隔 table 的结尾。没有它，它认为您的 ![](path/to/image.png) 是 table 的一部分，因此将其作为 "junk line" 放在 table 中而不是单独的图像。

只需在两个块之间添加一个换行符就可以了。（表格需要用空行包围）。

（我知道您正在编译为 LaTeX，所以您可能会混淆为什么我在谈论降价。如果确实如此，当您执行 Rmd -> PDF 时，Rmarkdown 使用 knit 从 RMD 到MD，然后 pandoc 从 MD 到 tex。这就是为什么你仍然需要确保你的 markdown 看起来不错）。

如果我设置 echo=FALSE，R Markdown 会使自定义绘图消失

R Markdown makes custom plot disappear if I set echo=FALSE

markdown

r

rstudio