绘制决策树，graphvizm pydotplus

Question

我正在学习 scikit 文档中的决策树教程。我有 pydotplus 2.0.2 但它告诉我它没有 write 方法 - 以下错误。我已经为此苦苦挣扎了一段时间，有什么想法吗？非常感谢！

from sklearn import tree
from sklearn.datasets import load_iris

iris = load_iris()
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)

from IPython.display import Image

dot_data = tree.export_graphviz(clf, out_file=None)
import pydotplus

graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_data(dot_data)

Image(graph.create_png())

我的错误是

    /Users/air/anaconda/bin/python /Users/air/PycharmProjects/kiwi/hemr.py
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/air/PycharmProjects/kiwi/hemr.py", line 10, in <module>
    dot_data = tree.export_graphviz(clf, out_file=None)
  File "/Users/air/anaconda/lib/python2.7/site-packages/sklearn/tree/export.py", line 375, in export_graphviz
    out_file.write('digraph Tree {\n')
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'write'

Process finished with exit code 1

-----更新-----

使用 out_file 的修复程序会引发另一个错误：

 Traceback (most recent call last):
  File "/Users/air/PycharmProjects/kiwi/hemr.py", line 13, in <module>
    graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_data(dot_data)
  File "/Users/air/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pydotplus/graphviz.py", line 302, in graph_from_dot_data
    return parser.parse_dot_data(data)
  File "/Users/air/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pydotplus/parser.py", line 548, in parse_dot_data
    if data.startswith(codecs.BOM_UTF8):
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'startswith'

---- 更新 2 -----

此外，请参阅下面我自己的答案，它解决了另一个问题

Answer 1

问题是您将参数 out_file 设置为 None。

如果你看documentation，如果你把它设置在None它returns直接string文件而不创建文件。当然 string 没有 write 方法。

因此，请执行以下操作：

dot_data = tree.export_graphviz(clf)
graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_data(dot_data)

Answer 2

即使为 out_file 指定了正确的路径，方法 graph_from_dot_data() 对我也不起作用。

改为尝试使用 graph_from_dot_file 方法：

graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_file("iris.dot")

Answer 3

另一个问题是我的 Graphviz 的 backend 设置！！很好解决here。您只需要查找该设置文件并更改后端，或者按照评论中的建议在代码 mpl.use("TkAgg") 中进行更改。在我只得到 pydotplot 找不到我的 Graphviz 可执行文件的错误之后，因此我通过自制软件重新安装了 Graphviz：brew install graphviz 这解决了这个问题，我现在可以绘图了！

Answer 4

今天早上我遇到了同样的错误。我使用 python 3.x 这是我解决问题的方法。

from sklearn import tree
from sklearn.datasets import load_iris
from IPython.display import Image
import io

iris = load_iris()
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)

# Let's give dot_data some space so it will not feel nervous any more
dot_data = io.StringIO()
tree.export_graphviz(clf, out_file=dot_data)
import pydotplus

graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())
# make sure you have graphviz installed and set in path
Image(graph.create_png())

如果你使用python2.x，我相信你需要将"import io"改成：

import StringIO

并且

dot_data = StringIO.StringIO()

希望对您有所帮助。

Answer 5

真正帮助我解决问题的是：- 我从安装 graphviz 的同一用户执行了代码。所以从任何其他用户执行会给出你的错误

Answer 6

我建议避免使用 graphviz 并使用以下替代方法

from sklearn.tree import plot_tree
plt.figure(figsize=(60,30))
plot_tree(clf, filled=True);

绘制决策树，graphvizm pydotplus

Plotting decision tree, graphvizm pydotplus

graphviz

pydot

scikit-learn