在 R 中使用 deSolve 求解 ODE - 导数误差

Question

我正在尝试将 deSolve 程序包用于一组以方程作为辅助变量的 ODE。我一直收到错误，其中导数的数量与初始条件向量的长度不同。我应该改变什么？

# rm(list=ls())  
library(deSolve)

exponential=function(t,state,parameters){ with(as.list( c(state,parameters)), {

   #Aux. Var.
   fX2 = pmax(0,1-(1-(d2/r12)*(X2/K2)))
   fX1 = X1/(X1+k1); 

   # equations (ODE)
   dX1 = C-((d1)*(X1))-(r12)*(X2)*fX2*fX1 # differential equaion
   dX2 = r12*(X2)*fX2*fX1-((d2)*(X2))

   return(list(c(dX1, dX2)))
   })
 }

# -- RUN INFORMATION

# Set Initial Values and Simulation Time
state = c(X1=2,X2=0.01,K2= 10)
times=0:100

# Assign Parameter Values
parameters = c(d1=0.001, d2=0.008, r12=0.3,C=0.5,k1= 0.001)

for (i in 1:length(times)){
  out= ode(y=state,times=times,func=exponential,parms=parameters)
  }

Error in checkFunc(Func2, times, y, rho) : 
  The number of derivatives returned by func() (2) must equal the length of
 the initial conditions vector (3)**

Answer 1

错误来自您定义的函数中的 return：你的输入参数 y 长度为 3，但你只返回 return 2 个值，这就是错误。你可以用

解决你的问题

return(list(c(X1, X2, K2)))

还有一种可能就是把K2作为参数，那么你的老return就对了。您必须决定 K2 是变量还是参数。

顺便说一句：为什么要用时间进行循环？在我看来，这不是必需的，因为 ODE 是在您提交给 ode 函数的时间间隔内求解的。

out= ode(y=state,times=times,func=exponential,parms=parameters)

在 R 中使用 deSolve 求解 ODE - 导数误差

Solving ODE with deSolve in R- number of derivatives error

r

ode