将用户参数传递给 DESeq2 函数

Question

我正在尝试使用从命令行输入的参数在 RScript 中运行 DESeq。我使用 optparse 来解析用户参数，并试图将设计参数传递给 DESeqDataSetFromMatrix() 函数。

我直接测试了该功能，它完美运行：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=~taxonomy)

但是，如果我尝试传递变量 opt$design（这是一个字符串 = "~taxonomy"），我会收到以下错误：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=opt$design)

Error: $ operator is invalid for atomic vectors Execution halted

我试过 noquote()，cat/paste 的各种组合，并将整个命令创建为字符串以传递给 DESeqDataSetFromMatrix() 函数，但没有任何效果已经工作了。任何建议将不胜感激。

解决方案

感谢 Ben Bolker 在下面的回答，以下内容有效：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=as.formula(opt$design))

Answer 1

我认为你需要as.formula(opt$design)。

x <- "~taxonomy"
f <- ~taxonomy
str(f)
## Class 'formula'  language ~taxonomy
## ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
identical(f,as.formula(x)) ## TRUE

将用户参数传递给 DESeq2 函数

pass user arg to DESeq2 function

r

arguments

string-parsing

bioconductor

optparse

解决方案