生存中的 R 公式

Question

我在公式、环境和 survfit() 方面遇到问题。

lm() 一切正常，但 survfit() 失败。

一般问题陈述：

我正在对一些数据拟合一系列公式。所以，我称将公式作为变量传递的建模函数。之后，我想使用拟合对象中的公式。

(以我幼稚的观点，麻烦来自survfit not 记录环境。）

详细示例

lm() 中的预期行为：

library("plyr")

preds <- c("wt", "qsec")

f <- function() {
  lm(mpg ~ wt, data = mtcars)
}

fits <- alply(preds, 1, function(pred)
{
  modform <- reformulate(pred, response = "mpg")

  lm(modform, data = mtcars)
})

fits[[1]]$call$formula
##modform
formula(fits[[1]])
## mpg ~ wt
## <environment: 0x1419d1a0>

即使 fits[[1]]$call$formula 解析为 modform 我也可以仍然得到 formula(fits[[1]]).

的原始公式

但是 survfit() 的事情失败了：

library("plyr")
library("survival")

preds <- c("resid.ds", "rx", "ecog.ps")

fits <- 
  alply(preds, 1, function(pred)
  {
    modform <- paste("Surv(futime, fustat)", pred, sep = " ~ ")
    modform <- as.formula(modform)
    print(modform)

    fit <- survfit(modform, data = ovarian)
  })

fits[[1]]$call$formula
## modform
formula(fits[[1]])
## Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'modform' not found

此处（与 lm-fits 相反），formula(fits[[1]]) 不工作！

所以，我的具体问题是：如何取回使用的公式适合 fits[[1]]?

Answer 1

问题是，当 x$formula 为 NULL 时，对于 lm 对象，存在获取公式的备份计划； survfit 个对象

不存在

library("plyr")
library("survival")

preds <- c("wt", "qsec")
f <- function() lm(mpg ~ wt, data = mtcars)

fits <- alply(preds, 1, function(pred) {
  modform <- reformulate(pred, response = "mpg")
  lm(modform, data = mtcars)
})

fits[[1]]$formula
# NULL

可以使用 formula(fits[[1]]) 提取公式，它使用 formula 泛型。 formula 的 lm S3 方法是

stats:::formula.lm

# function (x, ...) 
# {
#   form <- x$formula
#   if (!is.null(form)) {
#     form <- formula(x$terms)
#     environment(form) <- environment(x$formula)
#     form
#   }
#   else formula(x$terms)
# }

所以当 fits[[1]]$formula returns NULL 时，forumla.lm 在对象中查找 terms 属性并找到公式

fits[[1]]$terms

survfit 对象没有 x$formula 或 x$terms，所以 formula(x) 给出错误

preds <- c("resid.ds", "rx", "ecog.ps")
fits <-  alply(preds, 1, function(pred) {
    modform <- paste("Surv(futime, fustat)", pred, sep = " ~ ")
    modform <- as.formula(modform)
    fit <- survfit(modform, data = ovarian)
  })

fits[[1]]$formula
# NULL

formula(fits[[1]]) ## error

formula(fits[[1]]$terms)
# list()

您可以通过将公式插入调用并对其求值来解决此问题

modform <- as.formula(paste("Surv(futime, fustat)", 'rx', sep = " ~ "))
substitute(survfit(modform, data = ovarian), list(modform = modform))
# survfit(Surv(futime, fustat) ~ rx, data = ovarian)

eval(substitute(survfit(modform, data = ovarian), list(modform = modform)))

# Surv(futime, fustat) ~ rx

# Call: survfit(formula = Surv(futime, fustat) ~ rx, data = ovarian)
# 
#      n events median 0.95LCL 0.95UCL
# rx=1 13      7    638     268      NA
# rx=2 13      5     NA     475      NA

或手动将公式输入 x$call$formula

fit <- survfit(modform, data = ovarian)
fit$call$formula
# modform
fit$call$formula <- modform
fit$call$formula
# Surv(futime, fustat) ~ rx

fit
# Call: survfit(formula = Surv(futime, fustat) ~ rx, data = ovarian)
# 
#      n events median 0.95LCL 0.95UCL
# rx=1 13      7    638     268      NA
# rx=2 13      5     NA     475      NA

生存中的 R 公式

R formula in survfit

r

formula

survival-analysis

一般问题陈述：

详细示例