从 igraph 中的图形中删除未连接的短路径

Question

我正在使用 igraph 中的网络，我有一个网络，其中有相互重叠的短连接节点，因此我们看不到边缘。我想删除所有这样的短连接节点，因为它们没有连接到主网络。度数在这里不起作用，因为节点不是 0 度。它们要么连接到 1 个或多个基因，但仍然不在主网络中 network.Even 主网络显示一些重叠的基因，我也想纠正它。

 net <- simplify(InnatedGraph, remove.multiple = T, remove.loops = T, ) 
 bad.vs<-V(net)[degree(net) == 0] 
 net <-delete.vertices(net, bad.vs)
 plot(net,vertex.label=NA, edge.curved=.1, edge.width = 1,edge.arrow.width = 0.3,vertex.size = 3,asp=-1,edge.arrow.size = 0.5,vertex.label.cex = 0.3)

完成所有这些后，我得到了这样的网络

你在主网络周围看到的基因不是孤立的节点，而是连接到重叠的其他节点。有没有办法删除这些基因，防止在主网重叠。

Answer 1

您想要 main component。首先，找到组件，然后根据这些组件对图进行子集化。其中 g 是您的网络：

V(g)$comp <- components(g)$membership
main <- induced_subgraph(g,V(g)$comp==1)

至于重叠节点，请查看 igraph 中可用的不同布局。 ?igraph::layout.

注意：查看@hermidalc 的回答。最大的组件不一定是第一个提取的组件。

Answer 2

你想要 main/largest 组件，它不一定是第一个 id == 1 的组件

main <- induced_subgraph(
  g, V(g)[components(g)$membership == which.max(components(g)$csize)]
)

从 igraph 中的图形中删除未连接的短路径

Delete unconnected short paths from a graph in igraph

r

graph

igraph

注意：查看@hermidalc 的回答。最大的组件不一定是第一个提取的组件。