热图中的标签组

Question

我有一个数组，其中第 ij 个条目是区域 i 和 j 共有的基因数 在 i 中相对于 j.

的差异表达

标记每个 xtick 和 ytick 会使图形过于拥挤。如同 this question and this question 我想在我的 x 轴上对标签进行分组。

下图中来自 Hawrylycz 等人 (2012) 的热图的 xticklabels 是我想要的一个很好的例子 xticklabels 指的是更一般的区域。例如，额叶下的所有列都对应于额叶内大脑中的结构。

我不是要复制 yticklabels 或条形图插图。

我的做法

对于热图中的每个框，我都有一个 ontology。我选择在几个区域绘制结构，例如仅“额叶和顶叶”。

使用 ontology 我可以发现每个结构的列组的开始和结束索引。 如何使用这些索引绘制组标签？

Answer 1

像这样：

import pandas as pd
from numpy.random import random_integers
from numpy import reshape
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.ticker import FixedLocator, FixedFormatter
alph = 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
lalph = list(alph.lower())
alph = list(alph)

df = pd.DataFrame(random_integers(0,100,(26,26)),columns=alph,
                  index=lalph)

# Two lines just to make a plaid image in imshow 
differ = reshape([sum(df[col2]-df[col]) for col2 in df for col in df], (26,26))
differ = pd.DataFrame(differ, columns=alph,index=alph)

# pick the labels you want
ticks = [2, 14, 18, 19, 22] # C=2 because A=0 because Python is 0-indexed
ticklabels = [alph[x] for x in ticks]

fig = plt.figure(figsize=(3,5))
ax = fig.add_subplot(111)
ax.imshow(differ)
ax.autoscale(False)

# display only the chosen ticks and ticklabels
ax.xaxis.set_major_locator(FixedLocator(ticks))
ax.xaxis.set_major_formatter(FixedFormatter(ticklabels))

您将得到一个字符串命名基因列表，而不是用作字母列表的字符串，但 imshow 轴索引仍然是底层 numpy 数组的索引。

热图中的标签组

Label groups in a heat map

python

visualization

matplotlib