R:如何通过 install_github() 安装特定版本?

R: How can I install a specific release by install_github()?

如果软件包的当前版本出现一些错误,用户可能更愿意安装特定版本(例如版本 1.0.1)。什么样的 R 代码可以用来实现?

以发布最新的OhdsiRTools R包为例:

https://github.com/OHDSI/OhdsiRTools/tree/v1.0.1

命令类似于:

install_github("OHDSI/OhdsiRTools", ref = 'v1.0.1')

上面的代码不正确。它仅适用于分支(例如 masterdevA)。但是 devtools 包具有引用版本的功能。

理想情况下,我会通过标签引用发布(但带有提交 ID 的解决方案也可以)。

额外奖励:什么代码可以安装 "latest" 版本。 (但考虑这是一个额外的问题。关于的问题是主要问题)

您需要将发布的标签直接附加到存储库参数的名称上。所以,username/repo@releasetag 会起作用。只有在需要引用 git 存储库的特定分支时才使用参数 ref = "devA"

例如,关于 OhdsiRTools v1.0.1,我们有

我们有:

devtools::install_github("OHDSI/OhdsiRTools@v1.0.1")

编辑

在玩弄 devtools 源之后,我注意到可以通过以下方式请求最新的源:

username/repo@*release

因此,您可以使用:

devtools::install_github("OHDSI/OhdsiRTools@*release")

结束编辑

已过时,请参阅编辑

不幸的是,要获得最新的发布标签,这项工作有点复杂,因为它涉及解析来自 GitHub API 的响应。如果你真的需要标记版本,这里有一些注意事项......你必须解析 JSON 来自:

https://api.github.com/repos/<user>/<repo>/releases/latest

使用 RJSONIO, jsonlite, rjson

要从中提取 "tag_name"

{
  "url": "https://api.github.com/repos/OHDSI/OhdsiRTools/releases/2144150",
  "assets_url": "https://api.github.com/repos/OHDSI/OhdsiRTools/releases/2144150/assets",
  "upload_url": "https://uploads.github.com/repos/OHDSI/OhdsiRTools/releases/2144150/assets{?name,label}",
  "html_url": "https://github.com/OHDSI/OhdsiRTools/releases/tag/v1.0.1",
  "id": 2144150,
  "tag_name": "v1.0.1",
  "target_commitish": "master",
  "name": "Minor bug fix",
  "draft": false,
  "author": {
    "login": "schuemie",
    "id": 6713328,
    "avatar_url": "https://avatars.githubusercontent.com/u/6713328?v=3",
    "gravatar_id": "",
    "url": "https://api.github.com/users/schuemie",
    "html_url": "https://github.com/schuemie",
    "followers_url": "https://api.github.com/users/schuemie/followers",
    "following_url": "https://api.github.com/users/schuemie/following{/other_user}",
    "gists_url": "https://api.github.com/users/schuemie/gists{/gist_id}",
    "starred_url": "https://api.github.com/users/schuemie/starred{/owner}{/repo}",
    "subscriptions_url": "https://api.github.com/users/schuemie/subscriptions",
    "organizations_url": "https://api.github.com/users/schuemie/orgs",
    "repos_url": "https://api.github.com/users/schuemie/repos",
    "events_url": "https://api.github.com/users/schuemie/events{/privacy}",
    "received_events_url": "https://api.github.com/users/schuemie/received_events",
    "type": "User",
    "site_admin": false
  },
  "prerelease": false,
  "created_at": "2015-11-18T00:55:28Z",
  "published_at": "2015-11-18T06:35:57Z",
  "assets": [

  ],
  "tarball_url": "https://api.github.com/repos/OHDSI/OhdsiRTools/tarball/v1.0.1",
  "zipball_url": "https://api.github.com/repos/OHDSI/OhdsiRTools/zipball/v1.0.1",
  "body": "Fixed bug in `convertArgsToList ` function."
}

以上摘自https://api.github.com/repos/OHDSI/OhdsiRTools/releases/latest

对于任何来到这里寻找如何从特定提交 SHA 安装的人来说,这很简单:

remotes::install_github("username/repository@commitSHA")

例子

从 github 上的 'commits' 页面查找要安装的提交的 SHA:

在这种情况下,提交 SHA 是:8bc79ec6dd57f46f753cc073a3a50e0921825260,所以很简单:

remotes::install_github("wilkelab/ggtext@8bc79ec6dd57f46f753cc073a3a50e0921825260")