提取社区节点与其他节点之间的边

Question

假设我们有一个简单的加权网络，我们在其上执行某种社区检测。接下来我们提取特定的社区，最后的任务是提取该社区的节点与所有其他节点之间的所有边。

下面我贴了玩具代码

# Create toy graph
library(igraph)
set.seed(12345)
g <- make_graph("Zachary")
# Add weights to edges
E(g)$weight <- sample(x = 1:10, size = ecount(g), replace = TRUE)
# Run community detection
cl <- cluster_louvain(g)

有5个节点属于社区#1、12个节点属于社区#2等

> table(membership(cl))
 1  2  3  4 
 5 12  2 15

现在我们提取社区 #1:

g1 <- induced_subgraph(g, which(cl$membership == 1))

问题：如何找到将社区 #1 中的节点与所有其他节点连接起来的边（不包括定义社区 #1 的边）？

Answer 1

首先让所有边缘都基于您的社区：

all_edges <- E(g)[inc(V(g)[membership(cl) == 1])]
all_edges
+ 10/78 edges:
 [1] 1-- 5 1-- 6 1-- 7 1--11 5-- 7 5--11 6-- 7 6--11 6--17 7--17

然后，过滤掉完全内部的（两个顶点都在社区内）：

all_edges_m <- get.edges(g, all_edges) #matrix representation

all_edges[!(
 all_edges_m[, 1] %in% V(g)[membership(cl) == 1] & 
   all_edges_m[, 2] %in% V(g)[membership(cl) == 1]
 )] # filter where in col1 and col2
+ 4/78 edges:
[1] 1-- 5 1-- 6 1-- 7 1--11

提取社区节点与其他节点之间的边

Extract edges between community nodes and other nodes

r

igraph